老师您好,最近在做一些研究,想要利用Yeo模版提出的7个功能网络进行一些研究,但是目前只能将结果映射到AAL模版中,或者DK模版中,那么我如何确定哪几个脑区属于某个网络啊,查阅了相关资料,介绍可以利用脑区的MNI坐标进行实现,但是不知道MNI坐标如何获取
如果你有AAL或者DK模板的文件,可以使用FSL的fslstats
命令来获得每个脑区的中心坐标:
fslstats -K AAL.nii.gz AAL.nii.gz -c
这个问题在前面的帖子中也讨论过。
除了根据坐标,也可以通过计算不同分区模板的脑区的重叠程度来建立映射关系,这个问题在前面的帖子中也讨论过。
老师您好,因为不是专门进行影像学研究的,因此对于处理结构像的操作工具并不是很了解,有没有其他更加简单的方式获取呢?比如说利用brainnetview获取?
哈喽,森森
想要查模板中的ROI属于哪个网络,可以使用afni处理
首先这些模板得属于同一个空间(e.g. 都在MNI_2009c_asym),可以使用3dinfo -space dset
查看空间信息
然后使用3dCM -all_rois -Icent dset > dset_Coordinates.1D
,这会计算模板中所有ROIs的质心坐标,-Icent
参数可以使质心坐标不会超出ROI
通过质心的坐标判断ROI属于哪部分网络,通过whereami
查询,你可以指定x,y,z的坐标,可以通过-coord_file
传入一个.1D文件。
具体的模板可以在afni的abin下搜索AFNI_atlas_spaces.niml查看信息,Yeo7与Yeo17的模板在这个连接当中https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/atlases/SchaeferYeo/afni_sydist_atlas_v1.0.tgz
2 个赞
- 我去看了一下在Brainnet Viewer(v1.7)里自带了AAL和DK的坐标文件,你可以直接使用。
- 如果是使用图形界面软件的话,PANDA提供了一个将两个分区模板进行映射的功能(
Between-atlas Mapping
)。你同时输入两个分区模板(比如,一个AAL,一个Yeo7),会得到AAL每个脑区与在7个网络中的占比。虽然不是提供MNI坐标,但是能解决最终的问题。PANDA下载地址:https://www.nitrc.org/projects/panda。 - 能提取MNI坐标的图形化软件我一时还想不到。
谢谢老师,我现在去研究一下
好的谢谢,我去研究研究,谢谢你的回复
你好,请问你实现了将aal模板的ROI映射到了yeo7模板上吗?也许我们可以交流学习,qq:2373667422