使用NBS进行网络统计分析，需要输入Node Coordinates (MNI)，请问哪里可以找到图谱坐标，比如Schaefer atlas, Tian_Subcortical atlas的Node Coordinates。
另外gretna构建功能连接矩阵输入的预处理降噪的功能数据是不是得是符合其格式要求的才可以，否则会报错？
（1）如果不需要可视化的话，并不需要输入节点和标签；（2）Schaefer Atlas在Yeo lab的github仓库里有（https://github.com/ThomasYeoLab/ … entroid_coordinates），Tian Atlas 在github仓库里也有（https://github.com/yetianmed/sub … n/3T/Subcortex-Only）；（3）应该不是的，我记得gretna对输入数据格式的要求还是比较灵活的。
关于gretna计算FC矩阵，我直接导入预处理好的功能数据，然后选择图谱，出现报错“错误使用 gretna_GUI_PreprocessInterface>RunBtn_Callback (line 1006)” 意思是一定要选择它里面的预处理吗
我不清楚这个报错是什么意思，但是应该可以直接输入预处理好的数据来计算FC矩阵。你能贴一个GUI设置的图片吗？
那我确实不知道了。我刚还测试了一下，我这里是没问题的。我测试的版本是2.0.0，Matlab是2015b。
好的老师，那我再试一试，谢谢~
请问老师Glasser360图谱的COG是这样吗: https://github.com/mbedini/The-H … arcellation-1.0.xml
但是这个看起来左脑在前，我看大部分都是右脑在前，这是我找到到的另一个关于该图谱的信息，但是没有COG：https://github.com/brainspaces/glasser360glasser
所以第一个COG是可用的吗，而且为什么坐标都是正的小数？另外，同一个图谱会不会在不同软件里不一样。
（1）第一个链接里的坐标（参照FSL自带的分区文件格式）应该表示的是体素坐标，但是很奇怪的是体素坐标应该是整数。我们一般报告的是物理坐标，单位是mm，物理坐标通常都是有正有负。体素坐标和物理坐标可以相互转换，比如可以在FSLeyes里查看。同一个图谱理论上在不同软件里应该是一样的。
（2）如果你有分区图像文件，但是没有每个脑区的坐标，你也可以使用FSL的cluster命令来获得每个脑区的COG。假设你有一个二值化的roi mask，可以使用
cluster -i roimask.nii.gz -t 1 --mm
来获得这个roi mask的COG。如果你有一个分区模板，你需要先每个脑区提取出来，再用前面的代码。我印象中我写过这个代码，一时找不到了，等我找到了再补充上。
好的 谢谢老师！
我按照这个cluster命令去提，结果显示了四行，然后我用fslstats -K glasser360MNI.nii.gz glasser360MNI.nii.gz -c 输出了一连串。。
glasser360MNI.nii.gz (279.8 KB)
（1）用cluster的话，你先要从glasser360MNI.nii.gz里把每一个ROI分别提取成mask，对mask再用cluster命令。（2）用fslstats也是可以的，每一行坐标对应于一个ROI。
好的！
刚才用第二个命令输出的是一大行数字，换个台电脑可以正确输出啦
fslstats -K -c这个解决方案更简单，我前面没想到。我自己以前都是用cluster逐个ROI去提取，还需要写脚本。赞！
https://github.com/mbedini/The-HCP-MMP1.0-atlas-in-FSL
从这里看到的，之前没注意-C和-c的区别。
我们前面提到的方法有可能会导致坐标点实际上在脑区外面，我在neurostars看到一些的新的方法，参考Daniel Glen的回答（https://neurostars.org/t/how-to-get-the-x-y-z-coordinates-of-the-116-regions-of-interest-of-the-automated-anatomical-labeling-aal-atlas/26011）