DK parcellation to Yeo 7 networks

求助Desikan Killiany parcellation (cortical+subcortical) 对应到 yeo模板的7个功能网络

可以参考这里:https://github.com/neurodata/neuroparc,这个库给出了一些分区模板,然后提供了一个计算不同脑区的重叠程度的脚本,这样可以把不同分区模板的脑区对应起来。

非常感谢老师!

您好!请问您现在找到对应方法了吗,我看网上的资料太少了

前面提到的neuroparc包提供了一个教程的:https://github.com/neurodata/neu … tion_Tutorial.ipynb

基本原理就是计算两个分区模板每个脑区之间的Dice系数(重叠程度)。

能否通过两个模板分区的vertex坐标来把DKT模板的脑区划分到yeo 7网络中呢

比如DKT模板的某个脑区,属于这个脑区的vertex很多个,应该根据哪一个vertex的坐标来划分呢?

你说的有道理,还是dice系数的方法更加合理:handshake:

感谢老师的回答,想问问这种做法有没有可以参考的已发表的文章

可以看看这篇文献:

Lawrence, R.M., Bridgeford, E.W., Myers, P.E. et al. Standardizing human brain parcellations. Sci Data 8, 78 (2021). Standardizing human brain parcellations | Scientific Data

非常感谢!

老师您好,我也是想把DK图谱的脑区映射到Yeo 7子网络中,您推荐的这个项目中,给了很多图谱文件,Yeo 7图谱应该是Yeo-7_space-MNI152NLin6_res-1x1x1.nii.gz这个文件,但我不知道常用的DK图谱(包含68个脑区的)是哪一个,烦请老师指教。文件夹中有Desikan_space-MNI152NLin6_res-1x1x1.nii.gz、DesikanKlein_space-MNI152NLin6_res-1x1x1.nii.gz和DKT_space-MNI152NLin6_res-1x1x1.nii.gz三个文件,在MRIcron中打开分别如下:

  1. 应该是Desikan_space-MNI152NLin6_res-1x1x1.nii.gz,作者在这两个文件里给出了每个脑区的标签:

  2. 还有其他仓库也有DK的模板,比如:https://github.com/miykael/atlasreader/tree/master/atlasreader/data/atlases,这些模板都是不同的作者转换的,方法不一样,所以转换后的图像以及编码也不相同。

好的,谢谢老师!