请问，如何将AAL2在MNI空间的模板（AAL2.nii）转为FS空间的模板（AAL2.annot），谢谢！
可以试试Registration Fusion的方法，Yeo实验室的工作：https://github.com/ThomasYeoLab/ … _RegistrationFusion
我也写过一篇相关的博客：https://alexbrain.cn/?p=365，供你参考，不过写得比较简略。不过需要注意的是，AAL模板是Colin27，不是MNI152空间。
谢谢，我还是看不懂他们这个方法。。
还有，AAL不是MNI空间吗？我刚查了一下有人说是MNI空间啊，而且AAL跟ch2.nii底板overlap也很好啊
AAL是MNI空间，但是MNI模板不止一个，比如，Colin27和MNI152。你这里提到的ch2.nii就是Colin27。
你也可以试试用FreeSurfer命令的方法：https://www.mail-archive.com/fre … d.edu/msg63687.html
这个方法在Yeo他们的文章里和Registration Fusion比较了一下，后者更好。不管哪种方法，都不是特别方便。
感谢解答！
我下载了standalone版本：stable_projects/registration/Wu2017_RegistrationFusion/bin/standalone_scripts_for_Colin_fsaverage_projection文件，
然后使用./CBIG_RF_projectColin2fsaverage.sh -s ~/Downloads/AAL1_3/aal2.nii -o ~/Downloads/AAL1_3 -m /usr/local/MATLAB/R2016b/bin在Linux终端运行，我的输入就是aal2.nii这个atlas，输出是两个.nii.gz结尾的文件（?h.aal2.allSub_RF_ANTs_Colin27_orig_to_fsaverage），请问下一步怎么做？谢谢
这两个已经是fsaverage空间的文件了，只是还是nii.gz的格式，可以再用mris_seg2annot转换成annotation。你看下这个命令的帮助信息应该就行。
感谢Alex！
我使用mris_seg2annot --seg lh.aal2.allSub_RF_ANTs_Colin27_orig_to_fsaverage.nii.gz --s fsaverage --h lh --o ./lh.aal2.annot --ctab ./aal2_FreeSurfer.txt
分别对左右侧进行了求annot，我使用的ctab是官网下载跟随aal2的colortable文件。可是我的输出并不理想（如图），有的地方是None，而且边界不清楚，有些label也标错了。请问我的过程有错误吗？
从MNI转到fsaverage空间的时候，插值方法要选择nearest neighbour，因为你这个是分区的数据。color table的话，你可以仿造FreeSufer的分区模板的color table做一个。
我刚才去github搜索了一下，multiAtlasTT里有现成的AAL2的annot文件：https://github.com/faskowit/mult … ster/atlas_data/aal
在ggsegExtra里也有AAL2的annot文件：https://github.com/ggseg/ggsegAal/tree/main/data-raw
我都没有试过这些文件，你可以用用看。
这两个是AAL的，不是AAL2呢，我再研究一下
你怎么知道是AAL而不是AAL2？我看引用的文献是2015的那篇，不是AAL最初的2002的论文。
感谢！
我在命令后面加上--interp nearest，显示ERROR: Option --interp unknown，请问这是咋回事？
你仔细看看脚本的选项，没有--interp这个选项，只有-i选项。
里面有82个脑区，应该是aal90减去8个subcortical脑区吧
感谢回复！！
我试了一下--i和-i都不行啊，都是ERROR: Option --i unknown。请指点
还是很感谢！！
老师您好，我已经使用yeo实验的standalone代码做了一下，使用最近邻差补，但是出来的annot文件还是有很多空缺的地方，您能否帮忙做一下，万分感谢！
我也跑了一下，发现确实有不少空缺的地方，而且原来连续的脑区在皮层上可能变得不连续。我目前还没有找到合适的解决方法。后续如果找到了再更新。
我去检查了一下，网上提供的这个确实是AAL2，所以可以暂时解决你的问题。