- 我不知道这些图是用什么软件画的，如果论文里没有写清楚，可以考虑写邮件去问一作，有一定可能能得到回复。
- FreeSurfer的freeview可以画这样的图，但是colorbar的选择可能没有这么丰富。我自己另外用过的是R环境下的fsbrain包，但是把部分脑区用黑线highlight出来的效果，我不确定能否实现。
- 你提到AAL，我不清楚你的具体问题是什么，不过要把AAL投射到皮层是有一定困难的，参考我们前面的讨论。
- 我也去NeuroStars论坛搜索了一下，也有类似的讨论，你可以参考或者深入搜索一下。