AAL2模板转为freesurfer皮层版本

问答讨论
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liubinsdu您好，
想要咨询您一下，我也尝试将其他模板转换成.annot格式，参考这里的代码，但是发现报错了"dimension mismatch. Surface has n vertices, seg has m. Make sure the surface segmentation matches the subject and hemi"
我确定hemi是对的，然后模板用的公共图谱，--s也选择的是fsaverage，所以不太能知道这里为什么报错。（PS：网上也有基于mgz文件转换成.annot，我也尝试将DK中的海马单独形成一个roi.mgz文件，之后也运行了这个代码，但是依然出现相同的错误。）
想要请教一下您是否有任何建议或想法。

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你怎么得到这个nii.gz或者mgz文件的，也是使用的Yeo实验室提供的这个MNI转fsaverage的脚本吗？

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你好，之前没有使用Yeo实验室代码转换，刚尝试用Yeo网站上的代码转换了，能成功跑通基于AAL的demo。但是出现了一个新问题，当我把转换后的nii.gz文件转换成annot文件后，然后使用read_annotation函数读取文件信息时候发现原本的右侧的90个脑区现在有91行table信息，但是左侧就正常（90行），不知道是否和我在mris_seg2annot是使用--ctab-auto有关。

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你可以先检查一下转换出来的nii.gz文件，看看脑区数目（脑区标签）是否正确。

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好哒，非常感谢大佬，我来检查一下。我也准备尝试自定义LUT再试试看。

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Alex老师您好，我现在想要做AAL90脑区在fsaverage空间的annot，请问你找到合适的方法了吗？或者有现成的吗？
:waving_hand:

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  1. 不好意思，我这边没有现成的AAL90的annot，因为我基本不用AAL分区。我个人认为，除非有特别的考虑，AAL并不是很好的分区模板，不论是用于结构还是功能的分析。
  2. 我尝试过的就是前面提到的两种方法，一个是FreeSurfer的mri_vol2surf，一个是Yeo实验室的RegistrationFusion。但是无论哪种方法，将AAL投射到皮层后都会有一些不完美的地方，比如脑区不连续。如果可以接受这种不完美，那么可以继续分析；否则需要进行后续的处理，比如手动去修改这些明显有问题的地方。不过我并没有进一步去了解。
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还是感谢您的回复，就在刚刚我在其他可视化平台找到了40k的映射annot，然后自己用py映射到了164k，将就用 :rofl: