如何合并Schafer100和Melbourne subcortex atlas

问答讨论
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请问各位老师，如何合并两个图谱：Schafer_100和Melbourne subcortex atlas S2，并且转换为3mm分辨率呢？感谢！

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  1. 这两个分区都提供了MNI空间的nii格式的文件，可以参考以前的帖子。
  2. 合并以后再重采样到3mm即可。
  3. 如果有没有说清楚的地方，再交流。
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感谢回复！我按照以前的贴子运行了以下代码：

fslmaths Tian_Subcortex_S2_3T_1mm.nii.gz -add 100 -mas Tian_Subcortex_S2_3T_1mm.nii.gz MSA_reindex.nii.gz

fslmaths MSA_reindex.nii.gz -add schaefer100MNI_1mm.nii.gz combined_atlas.nii.gz

但是得到的combined_atlas.nii.gz，用fslstats -R指令查看强度范围是0~199，而不是预计的0~132。查看combined_atlas.nii.gz图像看，发现脑组织中有一些高强度的点。请问这个是什么原因呢？因为我之后想用合并后的图谱做功能连接分析，这个是不是会有影响呢？

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  1. 应该是这两个分区模板之间有重叠，看起来应该海马/杏仁核和内侧颞叶，这些地方确实很容易有重叠。这个时候可能需要考虑选择保留皮层还是保留皮下结构，或者完全去除重叠部分。
  2. 假设选择保留皮下结构完整，去除皮层中与皮下结构重叠的部分，可以采用如下代码试试：
fslmaths Schaefer.nii.gz -mul Tian.nii.gz -bin overlap_mask.nii.gz
fslmaths Schaefer.nii.gz -bin -sub overlap_mask.nii.gz Schaefer_mask.nii.gz
fslmaths Schaefer.nii.gz -mas Schaefer_mask.nii.gz Schaefer_clean.nii.gz

上面代码得到的Schaefer_clean.nii.gz就是去除重叠以后的Schaefer模板，再与Tian模板进行相加。其他情况是类似的做法，你应该能搞定。

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非常感谢！问题完美解决啦！:grinning_face_with_smiling_eyes: