我想请问一下我通过cat12处理后的图像尺寸为169* 205 * 169,分辨率为1 *1 *1,但是在神经网络中这个尺寸在unet中上采样不能拼接,请问如果要将处理后的图像下采样到某个适合神经网络的尺寸有什么好的工具吗,怎么是可以不改变他原来的信息的方法
我不太清楚当前尺寸的具体问题是什么?如果是维度大小有要求,可以考虑裁切或者补0来到达需要的维度,这样不会改变图像的信息,可以参考以前的讨论。
是的,要看你的具体问题。如果不插补也有别的重采样方式的
当前的问题主要是网络是u形结构,通过卷积进行下采样后,再上采样进行跳跃连接,如果是169 205 169 这种奇数尺寸就要跳跃连接就会出现维度错误,其次就是3du net 的模型参数太大了,所以希望将图像尺寸减少,不知道有什么好的方法,谢谢您
- 如果希望把图像维度变为偶数,同时减少尺寸大小,可以考虑每个维度都去掉几层图像,比如把维度从
169*205*169缩减为160*200*160,因为这些边界都是非脑的背景部分,所以去掉几层不会影响到图像信息,具体是否会切掉脑的部分,需要根据实际图像来判断。可以使用AFNI的3dZeropad或者FSL的fslroi来进行裁切,因为这些命令可以同时处理图像的头信息,比自己编程实现简单。 - 我记得CAT12默认输出的是1.5mm的图像,如果觉得图像太大,在处理的时候可以选择输出2mm的分辨率。如果重新进行处理太麻烦,也可以直接把图像从1mm重采样到2mm,可以使用AFNI的
3dresample或者FSL的flirt来实现。如果用SPM12的话,可以参考这个帖子。
好的 谢谢您 我先尝试把图像重采样到2mm吧,因为是已经分割结束的灰质图像 不太好切割