TBSS后续分析

[gemma]

各位老师好，我在A\B两组被试中做了TBSS分析，以0.05和0.01为阈值的时候，输出的团块太大且是unclassified，后面我将阈值设为0.001之后输出了11个团块，其中体素比较大的团块主要也是unclassified，请问我可以只报告有确定脑区的结果吗？

另外我的研究目的是想找一个认知量表和DTI研究得出的FA值、MD值等之间的相关性，这步分析可以用TBSS完成吗？还是需要用确定性纤维分析？是用得到的差异性脑区或者纤维束FA值做还是直接用所有脑区的FA值去做呢？
谢谢各位老师！

[Alex]

1. 我觉得可以只报告确定的脑区。另外，也可以考虑换一个模板，JHU这个模板覆盖的白质范围有限。可以考虑换个分区模板，以前有类似的讨论。
2. 可以的，直接在统计模型中加入认知分数即可。其他问题我没太理解意思。

[gemma]

谢谢老师回答，我目前用的fsl是5.0的，后面我会更新一下，看看新模板的结果。另外：
1、请问TBSS昨晚置换检验之后得到的结果，我自行把cluster的阈值设成0.001，这样可以吗,还是说做个0.05/11多重比较呢？
2、假设我的目的是看一个认知量表和FA值有无相关性，我是直接用所有脑区的FA值和该量表分析呢？还是选择两组差异性脑区的FA值去做相关呢？

[Alex]

1. 如果已经做了TFCE多重比较校正，那么直接卡0.05阈值即可。如果团块太大，设置成0.001我觉得也行。
2. 都可以，看你的研究假设。因为量表和FA相关的脑区不一定是FA有差异的脑区。如果你只关心FA有差异的脑区是否与量表相关，最好是限制在有差异的脑区。

[gemma]

谢谢老师回答。关于相关性分析我还有一个问题，
1、之前得到的每个团块cluster是包含多个脑区的，一般来说差异性分析我只报告数值最大的脑区坐标和体素。而我用fslmeants命令提出来的FA值应该是这个团块的平均FA值，我做相关性分析的话，可以写占比最大的脑区和量表相关吗？

2、另外如果一个团块有两三个脑区占比差不多，我需要全部报告吗？

[Alex]

1. 我个人觉得不够严谨，因为团块不等于脑区。如果你想根据脑区下结论，应该再把团块分脑区后提取均值。
2. 只报告占比最大的脑区是具有误导性的，我个人觉得应该报告具有一定占比的脑区都要报告，或者报告前三个脑区。报告的目的是为了让读者在不接触数据的情况下了解结果，如果只报告占比最大的脑区或者自己感兴趣的脑区，就丢失了很多有用信息。

[gemma]

好的，谢谢老师，请问我怎么从团块里面提出脑区的FA值呀？有相关的命令行吗？

[Alex]

你可以用团块mask乘上脑区mask（即分区模板），这样就得到显著脑区的mask，然后可以使用fslstats提取每个脑区的均值。

[gemma]

谢谢老师，收获多多