alex,
谢谢你上次关于T1图像质量的回答，这次的问题也很细节，可能你都不会注意，因为本人初次进行处理和研究，敬请包涵。
问题如下：
现在全部的步骤跑完，想拿影像指标与量表做相关，在thickness这个指标上，出现差异脑区，比如脑岛（insula），它最终cluster summary文件里只有annotation只写了insula,而我从stats文件夹里提取的70多个脑区（我是按照默认模板跑的，没有更替模板），单单脑岛它又分出了许多亚区，我接下来是不是把所有亚区的指标和量表做相关嘛？还是怎么样？烦请指教。
我如果没理解错的话，你就是做完了皮层指标和量表的相关，有一些显著结果。如果这是你的研究目的，那么这个分析就到此结束了。annotation只是告诉我们显著的脑区大概是什么位置。
相关还没做，差异脑区目前出来了，正如你说的annotation告诉个大概位置，但是我提取某个脑区的值很多，比如说脑岛，这个位置，又分割了一些亚区，我是都要拿来做相关吗？
哦哦，明白了。你先做的组间比较，组间比较有显著的差异。接下来想做显著的区域与量表的相关分析。这也是常规的分析思路。
因为你做的是vertex-wise的分析，所以一般是提取有显著组间差异的mask，提取mask的均值，然后和量表进行相关。
你也可以分析显著的团块包含的脑区，然后用脑区的均值去做相关，但这种做法是不常见的，因为显著的团块通常不包含整个脑区，或者显著的团块包含好几个脑区。
好的好的，谢谢alex!
我对你回复的话理解如下：
1.cluster.summary文件里汇报的只是大概的显著差异脑区，可能包含其他脑区或者只包含该脑区的一部分；
2.所以，严格来说我不能直接用从stats文件里提取的差异脑区数值来做相关，因为不准确！！！
3.所以我应该先制作label或者mask files ， 然后根据label files获取关于label stats文件，从而获取差异脑区的值。（如图所示）
4.最后，拿这些差异脑区的值和量表进行相关分析！
所以，我做完了逐顶点组间分析，找到了大致差异脑区，目前先需要制作label(或者说ROI），然后提值，做相关，我的理解不知道有没有错误？
你的理解没有错，你提到的方法也是可以的。我刚去查了一下，你得到的结果里应该已经有了每个cluster的均值（应该是*sig.y.ocn.dat文件），所以不用自己再次提取了（我很久不做这种分析了，所以前面没想起来）。
是的。这个文件里就是cluster的均值。
借此提问一个问题：
如果用CAT计算皮质厚度指标，然后也想提取某一个差异cluster下所有被试的均值，应该怎么操作呢？
这个问题我应该在SPM的邮件列表里问过或者看到过，我在CAT12.6中测试是成功的，但是后来在CAT12.8.1中测试又不行了。具体步骤：
（1）打开CAT12的Display Results → Display Surface Results模块，在Select Surface Data下选择皮层分析的统计结果（卡过阈值或者转换成logP），在Data Cursor下选择plot data inside cluster，在顶部会弹出一个选项，选择Raw（另外两个选项是predicted/adjusted），表示原始的皮层厚度。
（2）使用鼠标选择一个显著脑区的位置，会在顶部显示所有被试在这个脑区的平均皮层厚度的图，同时在MATLAB环境中生成一个名为y的变量，在命令行窗口输入y，即可看到每个被试在这个脑区的平均皮层厚度的具体数值。
可以！ 我用的好像是12.8.2能行
谢谢老师，get到一项新技能！操作还挺方便的
哈哈，alex,我也借此问个基础问题：我现在已经提取出来均值，但是它是全部的被试（健康组+病人组），我想拆分开来，分别做进一步分析，
想问一下图中的值的排列是否与FSGD file 里的被试排序相同？（图中的表头和和序号是自己加上的）
是的，是按照FSGD文件里被试的顺序。
感谢，知道啦！
请问老师，CAT12计算得到的gii文件还能使用什么软件打开吗？
我把有差异的cluster保存成gii文件（好像是不可选，直接就是gii），有工具可以把它转成Nii文件吗？
据我所知，GIFTI是皮层格式，surface到volume的转换不是简单的格式转换。你想转成nii做什么呢？
我想的比较简单，就是让它成为一个nii的mask
我刚去SPM邮件列表搜索了一下，有两个相关的讨论，但是似乎都无法解决你的问题：
https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-b … mp;D=0&P=219252
https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-b … mp;D=0&P=131422
其中CAT12作者也参与了讨论，说明至少在提问的时间里CAT是无法实现这个功能的。这也是为什么，我一般皮层分析都会用FreeSurfer，这个功能用FreeSurfer就是非常简单的。
如果是我遇到这个问题，我可能有两个解决方案，一是去SPM邮件列表提问或者给CAT12作者写邮件，也许在2024年CAT12已经提供解决办法了；二是看具体分析目标是啥，选择一些迂回路线，比如你想用结构分析得到的脑区去做功能像分析的ROI，可以把功能像数据映射到皮层上分析，这个CAT是提供了工具的。又或者你想做机器学习，可以直接把脑区的值保存成.mat文件，这个CAT也是提供了相关功能。
明白！谢谢老师提供的思路！
老师，VBM的结果能这样提取吗，我看导入VBM结果的时候 data cursor没有plot data inside cluster选项
