前期对功能进行了预处理和降噪，有没有现成的软件可以进行功能连接矩阵构建和网络分析，试了gretna老是报错，还有没有别的工具推荐~感谢！
你去看一下gretna论文里引用的文献，以及引用gretna论文的文献，可以发现不少做图论网络分析的工具包。不过好不好用，我就不清楚了，没有试过。
好的老师。
还有个问题，请问老师功能计算出的falff, reho图，有没有方式去做基于全脑ROI的组间比较
你指的是分析全脑模式（即把所有ROI的值作为一个整体）上的组间差异吗？
不好意思表述有误，就是对这些图做一个基于ROI的分析，比如用AAL atlas
或者就像CAT一样，提取atlas上每个ROI均值，然后用SPSS做统计。
老师，3dNetCorr也可以构建功能连接矩阵是吗，请问后续如何做z转换？是不是在命令里加上-fish_z就可以了
之前添加-fish_z出现报错，现在可以了，可能是因为有的ROI里体素为0，但是看起来并没有做z转换
嗯嗯，你的问题是什么？怎么提取ROI的均值？
是的，3dNetCorr可以构建功能连接矩阵，-fish_z实现Fisher’s Z转换。你怎么判断是否做了变换的？不过我之前记得3dNetCorr的结果有一些精度上的问题（但是对结果影响不大），所以我都是用3dROIstats提取出时间序列，自己计算相关矩阵。
就是有没有工具可以直接对falff这样的图进行一个基于ROI的统计分析，如果没有的话是不是有相关命令一次性提取图谱上所有ROI的值
图形化的工具我确实不知道，我一般都是写代码完成ROI的统计。如果是ROI均值的话，AFNI的3dROIstats可以实现。
好的好的，谢谢老师，我试试
好像没有输出z变换的结果，只得到.netcc的文件，对比添加和不添加-fish_z，结果都一样。
我用的命令：
3dNetCorr -inset test_denoised_bold.nii.gz -in_rois aal_resample.nii.gz -fish_z -prefix test -allow_roi_zeros -automask_off
我刚测试了一下，相关系数（CC）和Fisher’s Z转换以后的结果（FZ）都在netcc文件里。
发现了 在后面啊
好神奇 竟然写在一个文件里面
麻烦了，谢谢老师！
老师，可否请教一下您使用3dNetCorr提取时间序列后如何计相关矩阵并进行z转换的
因为3dNetCorr生成的文件太多，我一般是用3dROIstats生成所有脑区的时间序列，然后在R里计算相关矩阵和Fisher Z转换，因为我一般在R里做统计分析。
好的老师！
还有个问题，有一些个体里有的ROI没有覆盖，最后提出来是空的，这种情况如果后续做统计分析，会忽略掉这些个体的ROI相关的功能连接吗
先看看哪些ROI出现缺失，是不是出现在fMRI容易信号缺失的区域；如果是个别被试是这样，可以把个别被试去掉或者不纳入缺失的连接进行分析；如果是很多被试这样，也许要考虑一下这个ROI是否太小了。
好的老师！
请问老师有没有遇到过：
使用AFNI（3dNetCorr）提每个ROI（Julich_brainatlas_3.0)的时间序列和计算连接矩阵的时候，为什么会缺少两个ROI，这两个ROI区域并不小，而且覆盖的功能也都是有值的，这个问题出在哪？我在gretna也试了一下，无法计算相关，输出的时间序列均值也是缺少两个区域