老师们好，我做完group.rh.thickness --2spaces --cwp 0.05 --perm 1000 3 abs 后，该如何将CWP＜0.01的结果映射到脑表面图上，并且把颜色条用T值表示呢？
下面是我参考csdn和b站的一些教程导入的文件，在选择阈值那我还是有点不懂，想请教一下接下来该如何操作或者说有没有相关的操作手册，麻烦各位老师啦，感激不尽
- 如果是想可视化显著的结果（校正后P<0.05），你可以选择
*sig.masked.mgh文件，文件里的值表示-log10(P)，所以如果原始P值是0.001，那么-log10(P)就是3。置换检验后每个文件的含义可以在官方文档找到：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/MultipleComparisonsV6.0Perm。 - 如果你想可视化CWP<0.01，那么在做置换检验的时候就应该把CWP设置为0.01。
- 似乎没有生成T值，因为置换检验不是必须计算T值（具体FreeSurfer怎么实现置换检验我并不清楚）。
Max指的是最大的-log10(P)值，FreeSurfer官方文档里有详细解释每一列的意义：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/MultipleComparisonsClusterSummaryV6.0Perm
好噢老师，感谢 
我把新的cwp小于0.01跑完了，然后overlay使用了sig.masked.mgh文件，颜色条用-logp，不知道我现在关于颜色设置的对不对，我是模仿着b站的一个老师设置的，感觉这个簇面积有点大了，而且只有一个簇，跑的是volume的结果
然后这个是皮层厚度的，感觉簇面积都很大
我该怎么调整比较好呀
这个是我处理的时候用到的代码
mri_glmfit --y lh.thickness.mgh --fsgd glm.fsgd --C glm.mtx --glmdir group.lh.thickness --fwhm 10 --surf fsaverage lh --eres-save
mri_glmfit-sim --glmdir group.lh.thickness --2spaces --cwp 0.01 --perm 1000 3 abs
cluster size比较大，可以从两个方面调整，一个是减少平滑度，比如FWHM设置小一些试试；一个是增加cluster-forming threshold，比如把阈值设为0.0001，也就是--perm 1000 4 abs。
好噢老师，那如果用现在的结果，但是画图的时候选颜色条那个阈值为0.0001到最大，会是同样的效果吗
不是的。初始阈值不同，校正后的p值差别可能很大。所以需要重新跑置换检验。
好噢老师，我把几种情况的都跑上了，谢谢老师
然后我去看了一下
*sig.masked.mgh 文件是保留显著簇内的原始统计值，非显著区域置为零
*sig.cluster.mgh 文件是显著簇区域标记为 1，非显著区域标记为 0
*sig.voxel.mgh 文件是保留显著体素或顶点的校正后统计值，非显著区域置为零
那我想模仿这样的画图我是选择*sig.masked.mgh 文件还是*sig.voxel.mgh 文件比较好呀
*sig.voxel.mgh*有结果吗？虽然*sig.masked.mgh*和*sig.voxel.mgh*都是校正后的结果，但是是完全不同的校正方法的结果。前者是cluster-level的校正，后者是voxel-level的校正。可以参考我前面写的一个帖子。- 你给的这个图呈现是原始的P值，比较接近
*sig.masked.mgh的结果。但是用的FDR校正。具体是什么方法，图中看不出来。
是的老师， *sig.voxel.mgh 有结果，我看了您写的帖子之后觉得还是*sig.masked.mgh 比较合适，我对我的平滑度，cwp，顶点阈值都做了一些改变，发现降低平滑度和顶点阈值对簇面积有效，但是最后结果中的簇会变得特别多，尝试了多种组合后，目前是平滑度为 5,cwp为0.01,顶点阈值0.001,对体积来说，最终形成的簇还有20个，再降低平滑度和顶点阈值会升到至少40个左右，请问老师会不会是我方法不太适合呀
我觉得方法是没有什么问题的。从前面的结果来看，你的数据结果比较显著，所以只能在“cluster数量少，但是每个cluster面积大”和“cluster数量多，但是每个cluster面积小”这两种情况下进行选择。我觉得后者更有信息量一些。