使用freesurfer可视化发现有部分空白

各位老师好,我是神经影像的初学者,最近在尝试使用freesurfer进行可视化。由于我想要可视化的文件是nifti格式于是参照了b站的教程将文件转为mgh


我更换了一下模板将代码改为
export SUBJECTS_DIR=/home/lab/cvs_avg35_inMNI152
cd $SUBJECTS_DIR
mri_vol2surf --mov /home/lab/CAP8/CAP8_1.nii
–mni152reg
–hemi rh
–out_type mgh
–o rh.cap8_1.mgh
但是在使用freeview查看结果时发现有部分空白并且图像与我使用wb view可视化的结果有较大区别

麻烦各位老师帮我看一下是什么地方出现问题了呢

在Overlay下面有个Configure,你看看阈值是怎么设置的,可能只是默认阈值太高,相应的脑区没有显示出来。

感谢回复!我看了一下空白那部分的值都是0,应该不是阈值的问题。


但是发现在进行转换的时候
srcvol = /home/lab/CAP8/CAP8_1.nii
srcreg = /usr/local/freesurfer/7.4.1/average/mni152.register.dat
srcregold = 0
srcwarp unspecified
surf = white
hemi = rh
reshape = 0
interp = nearest
float2int = round
GetProjMax = 0
INFO: float2int code = 0
Done loading volume
INFO: This REGISTER_DAT transform is valid only for volumes between COR types with c_(r,a,s) = 0.
Input reg is register.dat
WARNING: the voxel resolution in the source volume (3,3,3) differs
from that listed in the registration file (1,1,1)
-------- original matrix -----------
0.99753 -0.00732 0.01760 0.95709;
-0.01296 -0.00926 0.99706 -17.81596;
-0.01460 -1.00094 0.00244 -18.54964;
0.00000 0.00000 0.00000 1.00000;
-------- original matrix -----------
Reading surface /home/tanglab/cvs_avg35_inMNI152/fsaverage/surf/rh.white
Done reading source surface
Mapping Source Volume onto Source Subject Surface
Projecting 0 0 1
1 0 0 0
using old
Done mapping volume to surface
Number of source voxels hit = 12493
Writing to rh.cap8_1.mgh
Dim: 133655 1 1
mri_vol2surf done
有一个警告信息提示分辨率不匹配的问题
WARNING: the voxel resolution in the source volume (3,3,3) differs
from that listed in the registration file (1,1,1)
请问老师映射后有部分区域值为0的问题有可能是因为分辨率的问题吗

我去FreeSurfer邮件列表简单搜索了一下,似乎两种回答都有:参考1参考2。所以可以先把3mm的图像重采样到1mm,再试试。如果结果看起来正常了,那就是分辨率的原因。