对Freesurfer分割海马结果的图像分辨率有一些疑惑

[Xigua]

我对Recon-all得到的结果使用segmentHA_T1.sh脚本进行了还吗分割，得到一些结果。我注意到相同的模板得到了两个文件，一个带有FSvoxelSpace后缀，另一个则没有这一个后缀。

我试着在freeview中加载了这三个文件，并查看了它们的分辨率，带有FSvoxelSpace的mgz文件分辨率与原始图像一致，体素的大小也是一致的，而不带有这个后缀的mgz文件分辨率则比原始图像要小，而体素大小是0.333mm。而且0.333mm体素大小的文件的mask边缘比另一个文件的mask边缘要更加细腻，故希望使用体素更加小的mask文件去进行后续的处理。

我的疑问：

1. 我想使用较小体素的mask文件，能否将这个mask文件重采样（或者配准）到与原始图像分辨率一致？如果重采样（或者配准）到与原始图像分辨率，边缘会不会与带有FSvoxelSpace后缀的图像的mask那样不细腻？（我对freesurfer不是很熟悉，没有找到对应的重采样命令，一些看起来带有重采样功能的工具也不太清楚应该传入什么参数。我也尝试使用了配准的命令，但是加载后发现位置不对了）
2. 看起来较小体素的mask文件只是记录了空间里的某一部分，freeview是怎么知道这个空间对应的是原始图像中的哪一个部分？我在freeview将这三个图像加载，mask都很好地重合了。
3. Freesurfer做了什么使较小体素的mask转换到FSvoxelSpace？如果也是重采样或者配准，我是不是直接使用带有FSvoxelSpace后缀的mask就可以了？

新人小白的牛角尖问题求各位大佬解答，谢谢各位！

[Alex]

1. 我的理解是你之所以看到体素小的mask更细腻，就是因为分辨率更高了。而FSvoxelSpace就是FreeSurfer已经还原到1mm（你这里是0.85mm，可能是用了-cm选项）的分辨率的结果。你如果后续需要重采样到更大体素，那么效果就跟FSvoxelSpace的结果一样。
2. 只要坐标系统不变，很多看图软件都是可以正常加载的，并不需要图像大小一模一样。它这里我觉得应该就是把FOV变小了，把不属于海马周围的图像都裁切掉了，节约空间。
3. 我都是用FSvoxelSpace的mask去做后续分析。至于FreeSurfer使用什么命令进行的重采样，我并没有去了解过，不过我猜测去读海马亚区分割的脚本（即segmentHA_T1.sh）应该是可以定位到相关的命令的。

[Xigua]

谢谢Alex老师，很有帮助。