老师，我在wsl子系统里装了matlab和freesurfer，并且用reconall跑数据没有问题，按照求取LGI指标的步骤，在MATLAB\R2016b\toolbox\local文件中创造了startup.m文件，编辑如下：
然后在子系统中输入 recon-all -i a_CDQ_a.nii /mnt/d/fmri_data/T1_cnsp/freesurfer_scn/recon_IGL/ sub001 -localGI命令，出现以下问题，
请问如何解决哇，求取LGI指标的步骤是这样的吗？
你recon-all是怎么跑的？计算LGI就是把-all换成-localGI，比如：
recon-all -s sub001 -localGI
recon-all是这样跑的recon-all -i a_CDQ_a.nii /mnt/d/fmri_data/T1_cnsp/freesurfer_scn/recon sub001 -all -qcache，没有问题，但是按照上图中all换成-localGI就出现问题 ，不知道咋回事，添加的步骤和上图一样
没看懂你的代码，没有-s选项？
源代码这样，
，运行也能跑，得出的结果文件这样的：
-loaclGI。-i选项可以不用）：export SUBJECTS_DIR=...
recon-all -i input.nii -subject sub001 -all -qcache
recon-all -subject sub001 -localGI
老师，跑了一个，已经跑出来了，在suf文件里多了几个文件，这个就是LGI吗，是不是后期需要自己去平滑？
是的，这个文件就相当于是lh.thickness，是个体空间的LGI，如果要做vertex-wise的统计分析，还需要转换到fsaverage空间等。至于要不要平滑，我不太清楚，因为LGI本身已经很平滑了。建议参考一下文献。
ls.txt表示所有被试文件夹的名字，要确保你有提前准备这个文件。另外，如果你自己的代码没有跑通，应该贴出你自己的代码以及报错，这样才能定位原因。好的，老师，参考您的博客应该没啥问题 ，谢谢老师，有问题及时向您请教！ 
recon-all计算得到的脑区指标存放在每个被试的stats目录下，其中aseg.stats文件里应该包含你提到的这些脑区体积。asegstats2table命令去合并所有被试的结果到一个文件中，你查看一下该命令的帮助信息（asegstats2table --help）应该就会用了。好的，老师，下次提问我注意这个问题，不好意思！我已经使用命令得到皮层下的体积，打开后是这样的：
不知道数值范围是不是这样正确的？命令：asegstats2table --subjects `cat list.txt` --meas volume -t volume0.txt --skip；这些提取各个大脑部位的体积都是在同一个标准空间下的吗？都是直接利用的recon-all命令得到的aseg.stats文件。
后期需要用这些指标对每个被试构建矩阵的话，是不是可以直接拿来用呀？而且这篇文中说的是体积测量自动化程序经过MNI配准的，
FreeSurfer的recon-all流程中会有很多配准的过程，但是这些指标的计算是在个体空间进行的。这些指标可以直接用于统计分析。
好的，我明白啦！谢谢老师 
