如何利用freesurfer求取被试的LGI指标

[LIU]

老师，我在wsl子系统里装了matlab和freesurfer，并且用reconall跑数据没有问题，按照求取LGI指标的步骤，在MATLAB\R2016b\toolbox\local文件中创造了startup.m文件，编辑如下：

然后在子系统中输入 recon-all -i a_CDQ_a.nii /mnt/d/fmri_data/T1_cnsp/freesurfer_scn/recon_IGL/ sub001 -localGI命令，出现以下问题，

请问如何解决哇，求取LGI指标的步骤是这样的吗？

[Alex]

你recon-all是怎么跑的？计算LGI就是把-all换成-localGI，比如：

recon-all -s sub001 -localGI

[LIU]

recon-all是这样跑的recon-all -i a_CDQ_a.nii /mnt/d/fmri_data/T1_cnsp/freesurfer_scn/recon sub001 -all -qcache，没有问题，但是按照上图中all换成-localGI就出现问题 ，不知道咋回事，添加的步骤和上图一样

[Alex]

没看懂你的代码，没有-s选项？

[LIU]

源代码这样，
，运行也能跑，得出的结果文件这样的：

里边也都有东西，老师你的意思是如果recon-all能跑的话，只需要把-all换成-localGI就可以了吗，但是还是不行，换成代码如下：

跑结果命令窗：

[Alex]

1. 这个报错的原因是拼写错误，你写的是-loaclGI。
2. 可以这样写（计算LGI的时候，-i选项可以不用）：

export SUBJECTS_DIR=...
recon-all -i input.nii -subject sub001 -all -qcache
recon-all -subject sub001 -localGI

[LIU]

老师，跑了一个，已经跑出来了，在suf文件里多了几个文件，这个就是LGI吗，是不是后期需要自己去平滑？

[Alex]

是的，这个文件就相当于是lh.thickness，是个体空间的LGI，如果要做vertex-wise的统计分析，还需要转换到fsaverage空间等。至于要不要平滑，我不太清楚，因为LGI本身已经很平滑了。建议参考一下文献。

[LIU]

好的，谢谢老师，最后一个问题，就是我想用freesurfer根据DK图谱提取每个区域对应的皮层指标（厚度这些）平均值，搜索csdn：

但是我自己输入进去无法实现。是这样直接操作吗

[Alex]

1. 如果是提取皮层厚度等recon-all默认生成的指标，这个代码是没问题的。唯一可能需要注意的是，代码里的ls.txt表示所有被试文件夹的名字，要确保你有提前准备这个文件。另外，如果你自己的代码没有跑通，应该贴出你自己的代码以及报错，这样才能定位原因。
2. 如果是提取LGI等不是recon-all默认生成的指标，那么还需要一些额外步骤，可以参考我的博客。

[LIU]

好的，老师，参考您的博客应该没啥问题 ，谢谢老师，有问题及时向您请教！