老师这个是文件夹里的模板。我用了label_probabilistic这个做功能连接,发现一个脑区出来了三个roi。请问是不是因为他有range的原因呢?
解决方法:我看第二个是label_threshold_binary_0.35。我是不是应该用第二个啊?但是看到0.35我又不确定了。我记得之前做aal时候mask是0或1的。这个0.35是什么啊。。
谢谢老师
这应该是一个概率模板,也就是一个体素是否属于一个脑区(label)不是0或者1,而是一个概率值。一般需要卡一个阈值,就比如这里的0.35,就是概率大于35%的体素才属于这个脑区。但是这样卡阈值不同label可能有重叠的区域,比如一个体素同时属于两个label,所以一般还要取两者中的最大概率的label。
好的老师,我有看了下,里面有三个文件夹,
第一个应该就是我之前用的“概率”模板,我点开后,里面的数值确实有很多,我用这个模板做ROI的时候,使用了一个ROI,excel里面生成了三个对应的,打开这个mask确实有三个(下图)
,今天我重新用binary_0.35的时候,选取了几个相同的区域,发现数值只是0和1。
那我是不是想做类似之前那种label的时候,就还是应该用这个0,1的好一些呢?
我不太清楚你用的这个模板分区,你也没给出相关链接。从文字描述来看,似乎是每个脑区一个3D文件。通常一个分区模板是用不同的数字来表示不同的分区。比如,有10个脑区就用1-10来表示。所以如果官方没有给出这样编码的模板文件,就需要自己做一个。
我不太清楚你怎么进行重采样的,所以不清楚为什么会有这样的问题。可以参考这个帖子的方法试试。
是的老师,我学了你的方法后去reslice的,但是我觉得可能不是reslice的问题,因为我reslice了70多个,只有几个出现了上述情况:
您看这个图,就一个左侧,一个右侧,都是一批进行reslice的,(nearest neighbour)但是一个就白背景,另一个就是正常。
方法是这个图:
那确实很奇怪,你有检查一下这个reslice后出问题的文件在reslice前有什么问题吗?
我看不出来是什么问题,如果方便分享文件,可以把文件发到我邮箱:free_learner@163.com
,我试着reslice看看。
方便的老师,已经发到您的邮箱,请您帮忙看看,谢谢~
我大概搞清楚了,你前面看到的图全是白色的,表示所有体素的数值都是一样的,都是0。之所以reslice后没有一个体素是1,是因为这些脑区太小,3mm分辨率的1个体素对应于27个1mm分辨率的体素,所以如果在1mm的分辨率下你的脑区小于27个体素,那么reslice以后可能就没有了。
奥奥明白了老师,那这样就无解了是吗,因为我看其实做功能连接的时候,就算以1-1-1这个做functional connevtivity,其实也是有reslice过程的,那大概率也是reslice成一个白板,这样也就做不出来FC了是吗~~
我个人理解是,如果你的功能像就是3mm左右的,那就确实没有办法了。一般研究这种很小的脑区,采集功能像的时候就应该采用更高的分辨率,比如2mm。
好的谢谢老师 ,其实我也有试过变成2-2-2的,也是白板