老师好,在进行ASD患者组与HC组皮层厚度比较时(来自5个站点的数据),怎样写FSGD文件去除站点效应。
|Class ASDsite1|
|Class ASDsite2|
|Class ASDsite3|
|Class ASDsite4|
|Class ASDsite5|
|Class HCsite1|
|Class HCsite2|
|Class HCsite3|
|Class HCsite4|
|Class HCsite5|
class是这样写吗
- 我觉得这样没问题,可以参考FreeSurfer Wiki里的这个例子。
- 如果是我的话,我可能会先用ComBat去除站点效应,然后再放到FreeSurfer里进行统计分析。因为目前多站点的数据用ComBat的文献会比较多,直接把站点放到回归方程的比较少。
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老师好,用combat去除站点效应,是用freesurfer预处理完的哪个数据,比如说皮层厚度,是用lh.thickness.fwhm10.fsaverage.mgh文件吗,怎么做combat
- 是的,用做统计前的文件去做combat。
- 可以参考这里:https://github.com/Jfortin1/ComBatHarmonization。如果你用R的话,也可以参考一下我的博客。