freesurfer 去除站点效应FSGD文件改怎样写

问答讨论
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老师好，在进行ASD患者组与HC组皮层厚度比较时（来自5个站点的数据），怎样写FSGD文件去除站点效应。
|Class ASDsite1|
|Class ASDsite2|
|Class ASDsite3|
|Class ASDsite4|
|Class ASDsite5|
|Class HCsite1|
|Class HCsite2|
|Class HCsite3|
|Class HCsite4|
|Class HCsite5|
class是这样写吗

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  1. 我觉得这样没问题，可以参考FreeSurfer Wiki里的这个例子。
  2. 如果是我的话，我可能会先用ComBat去除站点效应，然后再放到FreeSurfer里进行统计分析。因为目前多站点的数据用ComBat的文献会比较多，直接把站点放到回归方程的比较少。
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老师好，用combat去除站点效应，是用freesurfer预处理完的哪个数据，比如说皮层厚度，是用lh.thickness.fwhm10.fsaverage.mgh文件吗，怎么做combat

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  1. 是的，用做统计前的文件去做combat。
  2. 可以参考这里：https://github.com/Jfortin1/ComBatHarmonization。如果你用R的话，也可以参考一下我的博客。