PANDA做脑网络,配准错误把小脑配准到额叶,求助解决办法

quality control里面T1配准MNI非常完美,T1原始像已经去脖子

如果T1-MNI配准很完美,那问题可能出在FA-T1的配准,你有检查这个配准结果吗?可以参考我博客里质控的图。我个人感觉FA-T1的配准不太可能出错,除非T1脑提取失败。比较容易错误还是T1-MNI的配准,因为FSL fnirt的表现不太稳定。

  1. 你能再展示一下T1 Bet的质控结果吗?也许可以尝试调低BET的程度,这样包含更多的大脑结构,配准可能结果好一点。
  2. 我个人觉得用B0去对齐T1应该是更准确的,也许可以尝试修改一下g_FAtoT1.m这个函数,用B0去配准T1。
  3. 我个人不建议再使用PANDA来分析DWI数据,除非是比较老的数据。原因是很多年没更新过,很多细节上已经跟不上目前的主流方法,也无法利用新采集的数据的一些优势。

感谢帮助,我又尝试用了spm来去颅骨,还是一样的错误结果。我发现这个错误可能与原始dti脖子太长有关,尽管我用了mricron来crop,并没有把脖子裁掉。左图为问题图像,右侧另一个患者图像可正常处理

  1. 我觉得你的分析是有道理的,因为T1没有这部分结构,所以配准错误。但是我记得PANDA是会去掉脖子和颅骨的,是不是相关选项没有勾选。
  2. 也可以用FSL的robustfov命令去除脖子部分。