quality control里面T1配准MNI非常完美，T1原始像已经去脖子
如果T1-MNI配准很完美，那问题可能出在FA-T1的配准，你有检查这个配准结果吗？可以参考我博客里质控的图。我个人感觉FA-T1的配准不太可能出错，除非T1脑提取失败。比较容易错误还是T1-MNI的配准，因为FSL fnirt的表现不太稳定。
- 你能再展示一下T1 Bet的质控结果吗？也许可以尝试调低BET的程度，这样包含更多的大脑结构，配准可能结果好一点。
- 我个人觉得用B0去对齐T1应该是更准确的，也许可以尝试修改一下
g_FAtoT1.m这个函数，用B0去配准T1。 - 我个人不建议再使用PANDA来分析DWI数据，除非是比较老的数据。原因是很多年没更新过，很多细节上已经跟不上目前的主流方法，也无法利用新采集的数据的一些优势。
感谢帮助，我又尝试用了spm来去颅骨，还是一样的错误结果。我发现这个错误可能与原始dti脖子太长有关，尽管我用了mricron来crop,并没有把脖子裁掉。左图为问题图像，右侧另一个患者图像可正常处理
- 我觉得你的分析是有道理的，因为T1没有这部分结构，所以配准错误。但是我记得PANDA是会去掉脖子和颅骨的，是不是相关选项没有勾选。
- 也可以用FSL的
robustfov命令去除脖子部分。