CAT12灰质分割

我想请问大家,我想用cat12进行灰质分割,我将体素大小调整为1mm,得到的灰质图像分辨率为169*205*169,和aal3v1的1mm模板大小181*217*181不匹配,得到的灰质大小为0,请问这是为什么呢?想请问一下大家,这种情况应该怎么解决,谢谢大家

CAT的模板的FOV比正常的MNI模板小,估计是为了减少文件的大小。所以如果你使用的模板维度不同,需要重新采样以匹配CAT的大小。使用CAT自带的 templates_MNI152NLin2009cAsym文件夹里的分区模板是最安全的,这些模板不光维度做过调整,相应的模板空间也进行了调整。

谢谢您的回复,我明白您的意思了,就是使用cat12自带的文件夹下面的aal模板是最安全的是吗?我使用文件夹下面自带的1mm的aal模板他的大小为161*197*161,和我切割后的灰质体积大小169*205*169不一致,这个大小会影响到灰质体积的提取吗?

  1. 是的,用自带的模板是安全的。而且如果是提取灰质体积,CAT本身就是可以做。
  2. 图像维度不一样,要么不能提取,要么会进行重采样,使得图像维度一致后再提取。软件会不会自动进行重采样,不同软件可能做法不同。

谢谢老师,我还想请问一下我如果使用braintome的246个脑区的模态,而不是使用cat12自带的模板有什么办法吗?是不是就是只有在cat12的基础上进行重采样这一种办法呢?麻烦您了

是的,把brainnetome分区模板的维度重采样成CAT模板的大小应该就可以了。

您好,维度怎么进行重采样?

很多软件都可以做,SPM12的话,可以参考这个帖子:使用SPM12改变图像的分辨率


您好,我想问的是维度(dimension)而不是2×2×2,图片中用红线圈起来的。如果我理解错了,还请原谅。

是的,维度表示图像在每一个方向上有多少个体素,2*2*2这种是分辨率,表示一个体素的大小是多少。

您好,那怎么样才能改变mask的维度?我用GAT图论分析工具包时需要改变mask的维度。

你有看前面我发的那篇帖子吗?你照着帖子里操作就行。如果操作中遇到什么困难,我们再讨论。

好的老师