AFNI的3dLMEr输出?

问答讨论
1

由于我的结构像数据是纵向3次随访,2组,所以我想试用AFNI的线性混合模型,
model -"group*time+(1|sub)"
prefix设置为lme.nii
没有设置gltcode,运行后输出了一个4d nii 文件有3个"时间点",我想请问:
1.这三个值是对应group time 和 group*time的效应的统计量吗?,我叙述的顺序对吗
2.3dlmer的文档中写到输出的是自由度为2的卡方map,如何转换为p值?如何做多种矫正?
从来没有用过AFNI,想借用一下他的统计模块,但是翻了半天文档和邮件也没翻到 :confounded:

2
  1. 没有用过AFNI的3dlmer，所以不清楚它的输出，我也去看了一下这个命令的文档，确实没写清楚。也许可以考虑去AFNI的论坛提问，如果你没有搜索到相关问题的话。
  2. 如果是我自己做LME的话，我会选择直接在R里做，会灵活很多，而且3dlmer也是调用R包来建模。
1 个赞
3

感谢胡老师,那请问用R直接做的话,在R中如何做多重矫正呢?逐体素的矫正好像有点严格,有其他方法吗

4
  1. 如果是我的话，我会选择做BH-FDR校正，比较简单，也不是特别严格。
  2. 另外，我也建议去看看使用LME模型的脑影像文献，一般是用的什么软件以及校正方法的选择。我个人现在比较倾向于做基于脑区的统计（而不是基于体素的），这样使用一些更复杂的统计方法更容易。
5

感谢胡老师，我也觉得ROI的统计起来更方便，主要是希望ROI和voxel的分析都做一下，比较完善一点

1 个赞
6

确实，各有优缺点。 :smile: