freesurfer如何用AAL模版来提取皮层厚度，脑沟回等

[sandro000]

Alex老师晚上好，非常感谢老师对我每一条的回复，不好意思我今天才登陆论坛回复您的消息，我刚结束期末放假啦 然后我将对比也做完了，目前有几个小疑惑，麻烦老师了
第一个是，我对比到最后，发现还剩两对脑区【Rolandic_Oper的左右脑区（13，14），Heschl的左右脑区（83 ，84）

这个图的纵列是annot对应的脑区，横列是aal2的，中间的数值是dice系数。

如果按照重叠系数进行分配，Heschl将无法匹配，所有我将Rolandic_Oper分给了annot中的脑区7，把Heschl分给了annot中的脑区36，应该是没问题的吧，我想问一下为什么会出现这种情况呀，我看’LH_region_7’对Heschl的dice系数只有0.0618，感觉占比其实是比较小的

第二个问题就是我注意到有四对脑区只匹配到了左或右其中一个脑区的情况，分别缺失的是Olfactory_L、OFClat_R、Hippocampus_R、 Amygdala_L，我使用MRIcron查看后（Hippocampus和OFClat）感觉这几块区域也挺大的，不太明白为什么会少这4个脑区

[Alex]

1. 如果Dice太小或者比较接近，那么信心就会降低很多。比如LH_region_7和LH_region_36都匹配到13脑区了，如果按照Dice最大原则，那么13区应该和LH_region_36对应，但是0.22和0.25相差不大。这个时候也许需要视觉检查来加以判断，比如根据相邻脑区的关系来判断哪一个才是正确的标签，比如13脑区附近的脑区有哪些，位置关系是怎样的。
2. Hippocampus和amygdala都属于皮下核团区域，理论上不应该出现在这里。现在只出现一侧，就更令人感到困惑了。

[sandro000]

@Alex

Hippocampus和amygdala都属于皮下核团区域

这是我剩余的脑区部分，除了Olfactory、OFClat剩下的应该都是皮下核团吧，多出来的Hippocampus和amygdala 是根据dice最大匹配出来的，并且检查了一下和其他脑区的dice系数，感觉也不能和缺失的Olfactory、OFClat匹配上。会不会是我使用的模板有问题
这个是我的匹配结果
脑区对应结果.csv (1.5 KB)

[Alex]

也许你可以把两个nii文件发我邮箱：free_learner@163.com，不过我最近比较忙，我可能要等一些时间才能回复你。

[sandro000]

好滴好滴，已发送，超级感谢老师

[Alex]

我看了一下你发给我的图像，这两个图像对应确实不太好，才会出现比如Heschl这种比较小的脑区对应不上。前面你在将annot文件转到MNI空间的时候，是用的MNI152还是Colin27？如果是MNI152的话，建议试试Colin27，也许能匹配得好一些。

[sandro000]

老师，我使用的是Colin27进行转换的 我想着接下来有时间的话自己再使用作者提供的代码，将aal模板转换到annot一次，看能否得到一些新的信息

[Alex]

1. 下面两张图是分别将你转换后的annot和Colin27/MNI152模板重叠的情况，感觉和Colin27重叠不是很好。
   
   
   
   
   
2. 确实可以试试将AAL2转成annot格式试试。