任务态的multi-band数据,在1st level的 设置Timing Parameters时,关于microtime resolution和 microtime onset

我做了一个任务态的multi-band数据(GE的机器),在1st level的 设置Timing Parameters时,关于microtime resolution 和 microtime onset,有些困惑,不知道这俩参数该如何设置?

因为以前的老的序列都是,microtime resolution 和 microtime onset输入 层数32,和16(一半)填进去了,但是现在multi-band序列做slicing timing correct时,就不是再输入slice order 2 4 6 8.。。。32这种的了,而是一次激发扫描2层,所以这个microtime resolution and microtime onset 该如何设置呢? 我在谷歌上搜了下,也没发现好的特别确定的回答

我的理解是,这个mircrotime resolution是不关键的,只要不是太小就行,按照SPM的文档就是设置为层数。microtime onset跟你的slice timing correction(STC)的设置有关,比如在STC中,参考时间点是中间时间点,那么这个mircrotime onset就设置为中间点就行。比如,你的mult-band数据是40层,做STC的时候,参考时间点是中间时间点,那么resolution可以设置为40,onset可以设置为20.5(我不确定是否可以有小数)。你可以考虑去SPM的邮件列表里搜索一下,应该能找到相关帖子。

是的,我现在的猜测是也是mircrotime resolution不是很关键的参数。因为spm官方手册里说“ Do not change the default setting unless you have a long TR.

A typical use of the t and t0 parameters is to set them to correspond to the results of any slice timing correction you have made eg. if you have 24 slices and have made slice 12 the reference slice you would set t=24, t0=12.”。今天搜了很多外文的资料,有的就是这么说的,层数和层数除以2。。但是也有的说,建议按照spm默认的16和8设置,我问了一个懂些技术的扫描员说,她说,按照spm默认的16和8设置,不要变。因为1st level使用的数据是 标准化之后的数据,所以说如果是52层,设为Microtime onset 26,其实是不对的,因为你用的并不是原始数据。

但是还有点困惑,因为我翻了下dpabi的论坛,貌似是说Reference slice是用的时间点是0。前面我发的链接也是这样说,这里的mult-band数据在slicing timing correction时不再输入层数,而是使用秒seconds。

我的数据在dpabi自动生成的FunImg里的json数据是 “SliceTiming”: [
0,
0.0769231,
0.153846,
0.230769,
0.307692,
0.384615,
0.461538,
0.538462,
0.615385,
0.692308,
0.769231,
0.846154,
0.923077,
1,
1.07692,
1.15385,
1.23077,
1.30769,
1.38462,
1.46154,
1.53846,
1.61538,
1.69231,
1.76923,
1.84615,
1.92308,
0,
0.0769231,
0.153846,
0.230769,
0.307692,
0.384615,
0.461538,
0.538462,
0.615385,
0.692308,
0.769231,
0.846154,
0.923077,
1,
1.07692,
1.15385,
1.23077,
1.30769,
1.38462,
1.46154,
1.53846,
1.61538,
1.69231,
1.76923,
1.84615,
1.92308 ], 正好一列向量52个。

first-level modeling可以在标准空间做,也可以在个体空间做。

是的,multi-band的数据做时间层校正只能用具体扫描时间,不能用层数,因为这个时候不同层可能是在同一时刻扫描的。如果做STC的reference是在时刻0s,那么mircrotime onset应该设置为1,就是时间对齐到最开始扫描的时刻。

严老师说 Reference slice设置为0,然后dpabi会自动获取

在个体空间分析的话,是不是意思直接在头动矫正realign后图像做1st 分析? 感觉问的有点弱智 :grinning:

所以师兄也是认可,如果标准化之后的图像,做1st level时,microtime resolution 和 microtime onset就按照spm默认的设置即可?

如果STC的参考时间点是0s,那么mircrotime onset应该设置为1。

是的,就是在没有空间标准化的图像上进行一阶分析,然后把参数估计值图像空间标准化后做二阶分析。

严老师说的dpabi里Reference slice,貌似是自动获取的。。。。 :smiling_face_with_tear:

我去SPM的邮件列表也搜索了一下,你可以参考一下这个帖子:https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/wa-jisc.exe?A2=ind2205&L=SPM&P=R5597

跟我们上面讨论的是一样的,现在问题的关键是dpabi里对于multiband的数据的STC参考时间是什么?我不熟悉dpabi。

我对dpabi网站,提问下,看看严老师怎么说