各位老师同学好 ,我正在用包含400个脑区的模板构建全脑的结构网络,目前在纤维束追踪这步中追踪数量的选择有些疑问,当前我是采用了40M, 但是计算速度非常慢,我有看过一些前人的代码以及官方教程,好像在追踪数量没有定论,但一般建议是以1M 为起点,想请教大家对这个问题有没有什么建议或者评估方法,以及这个数量的选择不同会对网络的构建带来什么影响。
感谢大家的帮助
tckgen -act 5tt_coreg.mif -backtrack -seed_gmwmi gmwmSeed.mif -nthreads 72 -minlength 30 -maxlength 250 -cutoff 0.06 -select 40M wmfod_norm.mif tracks_40M.tck
Alex
2
我个人对MRtrix没啥了解,所以给不出什么具体的建议。一般来说,肯定是越多越好,约束就是计算时间。类似于我们做置换检验的时候的置换次数。如果我遇到这种情况,我可能结合几方面的信息来做决策:
- 官方文档或者开发者推荐的参数。我在官方论坛找到一个相关的帖子:https://community.mrtrix.org/t/optimal-number-of-streamlines-for-whole-brain-tractography/5300
- 找使用该软件进行分析的文献,要选择高水平的文献或者跟当前分析很接近的文献,要多参考几篇文献。
- 找方法学方面的文献,比如很有可能有研究专门测试了streamline的数量对结果的影响。如果没有人做过,那这个参数往往不是很重要或者很难系统评估其影响。
- 也可以考虑自己选择几个参数值,简单研究一下这个参数的选择对结果的影响,然后结果放在自己的文章里,增强结果的稳健性。
1 个赞