老师好!我现在计算一个经过fsl分割后的白质文件,想用他计算一下体积,这里先问一个问题,计算体积是否一定要用分割后的文件?这样体素中的复制会是0-1的值,还是说用没有任何处理过得原始文件也可以进行计算体积?
下面是FSL和matlab的代码,麻烦老师看一下是否计算的原理不同?
fslstats image.nii.gz -V
% 提取体积
clear; clc;
% 指定文件路径
file_path = 'H:\I180310_wm_fnirt.nii.gz';
% 计算体积
TIV = calcTIV(file_path);
% 显示结果
fprintf('TIV: %.2f cm^3\n', TIV);
% 定义计算体积的函数
function TIV = calcTIV(filepath)
% 读取nii.gz文件并解压缩
gunzip(filepath);
unzipped_file = strrep(filepath, '.gz', '');
% 读取nifti图像
V = spm_vol(unzipped_file);
% 计算体积
TIV = getVolume(V);
% 删除解压缩的文件
delete(unzipped_file);
end
function volume = getVolume(V)
tot = 0;
for i = 1:V.dim(3)
img = spm_slice_vol(V, spm_matrix([0 0 i]), V.dim(1:2), 0);
img = img(isfinite(img)); % 排除非有限值
tot = tot + sum(img(:));
end
voxvol = abs(det(V.mat)); % 体素的体积,以立方毫米为单位
volume = tot * voxvol / 1000; % 转换为立方厘米
end
麻烦老师了