关于使用MNI152空间的图谱提取MNI152NLin2009cAsym空间预处理后的功能信号的问题

问答讨论
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使用fMRIPrep预处理后的bold文件是在MNI152NLin2009cAsym空间，分辨率为3.5mm，大小为46x56x48。
使用 Longitudinal Atlas for Normative Human Brain Development and Aging over the Lifespan using Quantitative Susceptibility Mapping 中给出的QSM图谱，该图谱在MNI152空间，分辨率为1mm，大小为182x218x182。
我做了下面几个尝试：

  1. 使用flirt命令直接将QSM图谱配到预处理后得出的reference bold上：
    flirt -in resampled_QSM_image.nii -ref sub-MNI0148_ses-01_task-rest_run-1_space-MNI152NLin2009cAsym_boldref.nii.gz -out resampled_QSM_image2.nii -applyxfm -usesqform

  2. 先将QSM图谱重采样到3.5mm分辨率，大小为52x62x52，然后再将重采样后的图谱与reference bold进行配准。

但是上述两种方法都会遇到 配准后的QSM图谱中一些脑区缺失的问题。

我觉得可能是因为QSM图谱除了大脑外还包含皮下，小脑以及脑干区域，导致配准过程中脑区的缺失，请问老师怎么看这个问题，以及有没有解决方法呢？

谢谢老师能抽出时间解答我的问题！

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  1. 你上面给出的命令并没有涉及到配准，只是对图像进行了重采样，使得两个图像分辨率相同。我觉得你首先应该检查一下这个QSM图谱是否位于MNI152NLin2009cAsym空间，或者检查一下QSM图谱是否和MNI152NLin2009cAsym模板是对齐的（打开两个图像看看）。
  2. 另外，你说的脑区缺失是不是有些小的脑区编号不见了。如果是这样，仅仅是因为你的功能像分辨率太低，导致这些小的脑区重采样以后没有了。比如某个脑区在1mm的分辨率下可能有10个体素，在3.5mm的分辨率下不足1个体素，那么这个脑区可能就没有了。
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感谢老师的回复！

  1. 我使用mricron将QSM图谱overlay到分辨率为1mm的MNI152NLin2009cAsym模板上，得到下图结果
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看来是对齐的，我又统计了flirt后resampled_QSM_image2.nii中各个脑区所占体素的数量过程中发现并没有缺失脑区。是我脑信号提取代码有些错误，目前已经改正并成功生成功能连接矩阵。

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感谢老师的耐心解答！