一、下载FreeSurfer安装包
在FreeSurfer官方网站下载最新的安装包，目前最新版本是7.4.1，发行时间是2023年6月。FreeSurfer提供两种形式的安装包，一种是deb格式（.deb），一种是压缩包的形式（.tar.gz），官方推荐采用deb包，因为可以很好的处理环境依赖问题。但是deb包默认安装位置是在/usr/local，所以需要root权限才能安装。如果没有root权限，可以考虑使用压缩包的形式进行安装。
对于Ubuntu系统，FreeSurfer声明只在Ubuntu18、Ubuntu20、Ubuntu22上做过测试，所以其他版本的Ubuntu是否能顺利运行是不确定的。我这里使用的是22.04 LTS，所以下载对应版本的FreeSurfer（文件名为freesurfer_ubuntu22-7.4.1_amd64.deb）。
二、安装FreeSurfer
- 使用如下命令进行安装：
sudo dpkg -i freesurfer_ubuntu22-7.4.1_amd64.deb
- 安装过程中，提示有很多依赖软件没有安装，因此使用如下命令安装依赖环境：
sudo apt-get update (不是必须)
sudo apt-get -f install
- 解决了环境依赖问题以后，再重新安装FreeSurfer：
sudo dpkg -i freesurfer_ubuntu22-7.4.1_amd64.deb
- 也可以通过apt来安装deb包，就可以一步到位。我之所以没有这样做，是因为不知道，后面查了资料才看到，不过并没有测试过。
sudo apt install ./freesurfer_ubuntu22-7.4.1_amd64.deb
三、设置环境变量和运行配置文件
如果仅为个人使用，可以将下面两行代码加入主目录下的.bashrc文件中：
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer/7.4.1
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
第一行代码设置了FREESURFER_HOME这个环境变量，它指示了FreeSurfer安装的位置；第二行代码运行了SetUpFreeSurfer.sh这个脚本。将这两行代码加入.bashrc的作用是每次打开终端，就会自动去执行这两行代码。只有执行了这两行代码后，FreeSurfer才能正常使用。
如果需要进行全局设置（即电脑上所有用户都能使用FreeSurfer），可以在/etc/profile.d目录下新建一个Bash脚本，并将这两行代码加入脚本中。
四、申请license
虽然FreeSurfer是免费使用，但是需要申请一个license，有两个需要注意的地方：一是不要使用qq.com或者163.com域名的邮箱，很有可能接收不到邮件；二是申请界面最后有一个Google的验证码，需要科学上网才能看到。申请之后，在邮箱中会收到一个license.txt的文件，将该文件下载后放到FreeSurfer的安装目录（即FREESURFER_HOME所指向的位置）。至此，FreeSurfer算是安装完毕。
五、简单测试
由于FreeSurfer官方没有提供用以检验安装是否成功的代码或者数据，因此我跑了一个被试数据的recon-all流程：
recon-all -sd ${OUTDIR} -i ${INDIR}/S01.nii.gz -s S01 -all
这里${OUTDIR}表示输出结果存放的路径，${INDIR}表示原始数据存放的路径，S01.nii.gz表示一个被试的NIFTI格式的T1数据，S01表示输出目录下被试文件夹的名字，也就是说最后的结果存放在${OUTDIR}/S01。
recon-all能顺利跑完，再用freeview查看一下结果，没有什么报错就说明安装基本没什么问题。
对于FreeSurfer的某些分析，可能还需要进行一些额外的安装和配置，等以后遇到了再解决。
六、FreeSurfer和FSL环境变量冲突问题
在上面第三步中，如果FreeSurfer检测到环境中安装了FSL，会设置一些FSL相关的环境变量，其中就包括将${FSL_DIR}/bin加入PATH中。但是在FSL 6.0.6以后，FSL
推荐是将${FSLDIR}/share/fsl/bin加入到PATH（来源），因为${FSLDIR}/bin中包含一些非FSL的软件，比如python和conda，将这个路径加入PATH，可能会导致与系统中的
其他软件冲突。为了解决这个问题，可以在$FREESURFER_HOME/FreeSurferEnv.sh中（大约在第400行）将
export FSL_BIN=$FSL_DIR/bin
修改为
export FSL_BIN=${FSLDIR}/share/fsl/bin
