各位老师好,我刚刚接触SPM处理T1结构像,由于需要处理的数据是婴幼儿的,从网上下载了一些婴儿的脑图谱,但不太能看懂其中的一些文件的作用,比如图中圈出来的这两个,能麻烦老师们帮忙解释一下吗?谢谢!
第一个圈出的应该是95个被试的平均以后的T1图像,第二个圈出是进行组织分割后的图像,这个估计是对第一个文件进行组织分割后得到的。你打开图像看看就能看出差别。
感谢老师的回复!是不是第一个平均的文件可以用作标准模板向它配准呢?那提供分割后的这个文件有什么作用呢?还有一个问题就是,在CAT12中进行分割操作时我看见里面的TPM模板是由6个文件组成的,但是下载的脑图谱中一般只提供灰质、白质和脑脊液的TPM,直接用这3个替换的原始的6个文件计算时会报错,我想用下载的TPM应该怎么做呢?
- 是的,第一个文件可以用做配准的目标图像。
- 提供的分割文件的用处完全看你分析的需求。比如,可以作为其他模态的mask。
- TPM文件在CAT中只是在仿射配准的时候能用到,如果你想替换CAT的模板,根据CAT的使用文档中的要求,可以使用CerebroMatic Toolbox来生成或者根据自己的数据来生成(可以参考我写的一个博客)。如果网站上没有提供符合CAT要求的文件,那么就无法使用了。
- 另外,根据我的了解,CAT恐怕是做不了婴幼儿数据的(比如1岁,不过我并不肯定,没有深入研究过),因为CAT的分割算法只适用于灰白质contrast比较明显的图像(这个在婴幼儿图像上不明显)。你可以尝试做一下,看看是否能正常分割。可以考虑直接给CAT作者写邮件或者去SPM的邮件列表提问,这是另一种确认的途径。
好的,感谢老师的回复,对我来说非常有用!
老师您好,不好意思想再打扰您一下。我想用CerebroMatic Toolbox来生成TPM文件,然后参考了您写的博客,里面提到的回归参数集我从原文下载不了,如果您有下载好的,能不能麻烦您分享一下呢?谢谢!
链接确实打不开了,你可以私信我你的邮箱,我把文件邮箱发给你。