Freesurfer报错

使用Freesurfer进行recon-all时,处理4个被试,均报错(reconall log 文件:XX exited with ERRORS at XXX)
检查recon-all.error文件提示:


SUBJECT PPMI_3108.nii
DATE 2024年 06月 25日 星期二 17:14:04 CST
USER alpha
HOST brainnova
PROCESSOR x86_64
OS Linux
Linux brainnova 6.5.0-41-generic #41~22.04.2-Ubuntu SMP PREEMPT_DYNAMIC Mon Jun 3 11:32:55 UTC 2 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
7.4.1 (freesurfer-linux-ubuntu22_x86_64-7.4.1-20230614-7eb8460)
/usr/local/freesurfer/7.4.1/bin/recon-all
PWD /home/alpha/Desktop/sharefolder/Fre_test/recon/PPMI_3108.nii/surf
CMD mris_curvature -w -seed 1234 lh.white.preaparc
4个被试都是相同报错
MRI文件夹下文件是:


Surf文件夹下是:

是白质分割出了问题么,但是4个被试都是一样的报错;
需要检查哪个文件夹?这里面有些文件在Freesurfer官网并没有查到
(我这批图像是以前转成nii格式的,可能做了reorient和去脖子,所有我也正在用原始DICOM文件重新跑,如果没问题会在这里回复)

其中一个被试的recon文件夹:链接:百度网盘 请输入提取码
提取码:q319

数据是放在外接硬盘上的吗?或者共享文件夹里?

共享文件夹里,胡老师,是这个原因吗

我用dicom文件开始也是一样报错

我不确定,不过你可以试试把数据放在虚拟机里跑,看是否还是会报错。

换文件夹后没有报错了,感谢!

您好,我也遇到了这个问题,可以请教一下你是如何解决的吗,我的recon-all.error文件是:


SUBJECT CD_005
DATE Mon Oct 14 05:10:03 CST 2024
USER cav960
HOST cav960-Alienware-17-R3
PROCESSOR x86_64
OS Linux
Linux cav960-Alienware-17-R3 6.8.0-45-generic #45~22.04.1-Ubuntu SMP PREEMPT_DYNAMIC Wed Sep 11 15:25:05 UTC 2 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
7.4.1 (freesurfer-linux-ubuntu22_x86_64-7.4.1-20230614-7eb8460)
/home/cav960/freesurfer/bin/recon-all
PWD /home/cav960/data/recon_CD/CD_005/surf
CMD mri_surf2surf --prune --s fsaverage --hemi rh --fwhm 25 --sval rh.w-g.pct.mgh.fsaverage.mgh --tval rh.w-g.pct.mgh.fwhm25.fsaverage.mgh --cortex

如果你也是在虚拟机里跑FreeSurfer,不要把数据放在共享文件夹里。如果不是这种情况,可以考虑把recon-all.log文件上传一下。

好的老师,我检查了一下,没有放在共享文件夹里,这是我的recon-all.log文件,感谢老师

recon-all.txt (859.8 KB)

我在recon-all.log文件中找到如下报错(大约在14963行):

/home/cav960/freesurfer/bin/reconbatchjobs: line 77: 66796 Killed                  exec $JOB >> $LOG 2>&1
/home/cav960/freesurfer/bin/reconbatchjobs: line 77: 66805 Killed                  exec $JOB >> $LOG 2>&1
/home/cav960/freesurfer/bin/reconbatchjobs: line 77: 66823 Killed                  exec $JOB >> $LOG 2>&1

我猜测可能是使用-parallel选项,并行计算的时候内存不足。可以试试不用-parallel选项,看看能否顺利跑通一个被试。

好的,非常感谢老师!!!我去尝试一下

感谢老师!成功了!