Alex老师您好，我最近在进行任务态磁共振数据的处理，现在遇到的trouble是不知道自己的分析过程是否正确，如果有小伙伴了解的话也请多多指教 
。我想比较病人和正常人之间，A和B，A和C，A和D之间的差异(ABCD是实验变量，其中A是我们最主要关注的对象）。使用SPM12进行了一阶分析，一阶分析的contrast用了 T contrast，设置为con1=A-B (1 -1); con2=A-C (1 -1);con3=A-D (1 -1)。然后利用一阶分析跑出来的con1,con2,con3文件在spm上进行了二阶分析（分别进行了两组间独立t检验），results部分的参数设置为：apply masking为none；p value ajustment to control也设置为none；ep threshold设置为0.001；extend threshold(voxels)设置为0。然后把三个spmT文件在xjview10.0里面打开，设置p-value为0.017（考虑到之前A和其他三个组分别进行了三次比较，所以设置成了0.05/3），cluster size默认是≥ 5，回车确认以后根据report 和 volume的结果，挑选了每组比较的volume里面呈现的感兴趣区域的voxel-p uncorred的值去报道。请问大家（1）我这种做法是否正确？如果不正确的话，请大家帮忙指正。（2）我将xjview里面的p-value设置成了0.017，我可以在文章的统计方法那儿写我进行了bofferoni校正吗？我看了之前的帖子说xjview都是基于voxel去进行分析的，那我在这儿将p设置成0.017是不是不对呀？
- 设置一阶模型和二阶模型应该没有问题。在Results部分，没有做多重比较校正，如果是发表论文的话，一般是不会被认可的。唯一要注意的是，
con1=A-B只是检验A>B的情况，如果你也关心A<B，那么还需要设置一个反方向的contrast。 - 你如果将显著性水平设置为
p<0.017，这只是校正了多个contrast之间的多重比较。问题最大的voxel之间的多重比较校正并没有做，也就是你在每个体素上都做了统计检验，但是并没有校正多个体素同时做检验带来的假阳性率的升高。
谢谢Alex老师及时且迅速的回复，受益良多。不过仍有以下几点疑惑：
（1）没有设置反方向contrast的原因有2个：一是在xjview里面可以直接查看正激活和负激活的情况；二是我也曾设置过A<B的情况，但是发现在二阶分析用病人组减去正常组以后，不论是A>B还是A<B得到的结果都一样，我也不太懂其中的原因。
（2）没有做多重比较校正的原因也有2个：一是之前工程师教我们在xjview里面进行结果统计，用了FDR或者FWE校正以后均没有结果了，最近我查阅资料得知，xjview是基于voxel的校正，结果一般都不太好，大家一般都不用它。我在spm里面尝试cluster的FDR或者FWE校正，但得到的结果也不怎么理想。工程师说，可以直接对提取出来的感兴趣区域进行Alfa SIM corrected，这样不会影响前期得到的结果。但我查阅资料，似乎说Alfa SIM corrected现在已经很少用了，Alex老师您对这种校正方式怎么看呢？此外，我还发现有的文章没有进行多重比较校正，但最后做了 Cohen’s d统计效应值，这样似乎也可以？
- 如果你的目标就是组间比较，那P值不会有变化，但是T值应该是有变化的（但是这个往往不是重点）。如果你是任务态，你可能会关心那些脑区激活了，这个时候正负就有意义了。xjview我不熟悉，SPM里是只能看单边的效应。
- 你总是可以发现有些文章没有做多重比较校正，但是更多的文章是做了的。如果校正后没有结果，那确实没有办法。但是不校正的结果在审稿中一般会遇到质疑。
- 我的建议是：可以考虑先做任务的激活，得到显著激活的脑区，只在这些脑区内部进行组间比较，因为在全脑范围内进行比较，多重比较问题会更严重。此外，可以考虑置换检验+TFCE的方法，这种方法在某些情况下比cluster的校正会更敏感。也可以多看看文献，注意其他人使用的分析策略。
好的，非常感谢Alex老师，我会去尝试置换检验+TFCE的方法的办法，也多去学习学习别人的分析思路。再次感谢您的解疑答惑，感激不尽，祝好