大家好,想请教大家一个问题,如何使用fsl进行全脑提取,去除脑部无关部分,如颈部等,只保留脑部,对ADNI数据集中TI MRI和FLAIR图像-f 0.5 -g 0得出的非脑组织太多,此外,想咨询一下ADNI数据集中FLAIR图像有使用过的老师麽?非医学生,想咨询一下其中伪影是很多麽
红色圈这种情况ADNI数据集中几乎所有T2 FLAIR数据都有出现,是影像本身就这样还是反转抑制过高去除过多?如果是抑制过高,那这些FLAIR数据还可以使用麽?另外,T2 FLAIR不同图像强度差异很大,是需要进一步筛选还是简单对图像进行归一化即可,所做方向为通过图像进行AD病程诊断。
- 我建议最好是试试其他脑提取的工具,我自己的使用经历是,FSL的BET不太行,不论怎么调参数,效果都很不理想。
- 红色圈的部分我觉得就是中线位置的脑脊液,我觉得没啥问题。你在T1图像上应该也能看到类似的情况。
- 虽然我没有做过FLAIR图像,但是MRI图像通常是没有单位的,也就是说数值的绝对大小意义不大,不同组织的相对高低(contrast)是有意义的。不过一般同一个机器采集的图像,图像强度应该比较类似。
谢谢老师的解答