各位老师同学们好,我正在做一个fmri的研究,想采用DK40图谱进行脑区划分,但是dk40图谱只存在surface空间的,而我的fmri的原始数据是volume空间的,想要请教一下 这种情况下常规的做法 一般是把 图谱从surface 转换到 volume空间, 还是要将原始数据从volume转到surface上, 如果要将原始数据从volume转到surface上,有没有什么参考的做法,或者文章,感谢大家!
- 比较简单的做法是将DK40从fsaverage空间转换到MNI空间,可以参考我写的博客:MNI152和fsaverage相互转换 – Alex的学习笔记
- 我在网上也简单搜索了一下,有现成的文件:atlasreader/atlasreader/data/atlases at master · miykael/atlasreader · GitHub
- 也可以把fMRI数据转换到fsaverage空间,需要先使用
bbregister
把fMRI图像配准到T1图像,然后使用mri_vol2surf
将数据从volume空间投射到surface空间。
非常感谢您的回答,很有帮助!
另外还有一个问题,这两种方法的适用情况有没有什么不同,或者说哪种方法更能保证反映真正的数据情况
这两种做法的差异核心在于,基于体积(volume-based)和基于皮层(surface-based)的配准的差别。有文献声称基于皮层的配准会更准确一些,也更符合大脑皮层组织的特点,比如这篇文献:
Coalson, T. S., Van Essen, D. C., & Glasser, M. F. (2018). The impact of traditional neuroimaging methods on the spatial localization of cortical areas. Proceedings of the National Academy of Sciences, 115(27), E6356-E6365.
我个人对相关研究没有深入了解,如果确实有很确凿和可重复的实证研究证明基于皮层的配准和分析是更好的,那么应该选择更优的做法。
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