使用NeuroSynth定义感兴趣区

技术教程
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NeuroSynth（https://neurosynth.org）是一个针对fMRI研究进行元分析（meta-analysis）的网站平台，输入一个关键词（比如，焦虑），就可以得到与焦虑相关的大脑“激活”图，可以用于定义感兴趣区（Region of Interest, ROI）。

一、基本原理

  1. 提取关键词，检查文章摘要里是否包含该关键词，比如"anxiety"，如果文章摘要里包含该关键词，则该文章的内容与该关键词有关；
  2. 提取脑激活坐标，自动提取文章表格里的坐标信息；
  3. 对关键词和坐标进行统计分析，生成与关键词对应的“激活图”。

二、一个例子

  1. 在NeuroSynth网站上的"Meta-analyses"下的"Terms"界面输入自己感兴趣的关键词，比如"anxiety"，就会得到如下图所示的脑图。
  2. 该脑图是基于449篇研究的元分析结果，在脑图上方"Studies"处列出了这449篇研究的具体信息。
  3. 脑图中每个体素数值（Z score）的大致意义是：如果一篇文章包含"anxiety"，那么相比于一篇文章不包含"anxiety"，该体素出现激活的概率。如果该体素出现激活的概率高，那么该体素是和"anxiety"有关的脑区。
  4. 该脑图已经设置过阈值（p<0.01, FDR corrected），可以直接下载作为ROI（在脑图右侧有个下载按钮）。

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三、其他功能

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  1. 在"Meta-analyses"下的"Topics"界面可以显示某个主题而不是单个词的元分析结果。
  2. 在"Locations"处可以选定一个坐标，生成以该坐标为种子点的功能连接图（resting functional connectivity）以及以该坐标为种子点的共同激活图（task co-activation）。
  3. 在"Genes"处可以生成不同基因在全脑表达水平的分布图以及相关的元分析结果。
  4. 在"Decoder"处可以上传自己生成的脑图，并与NeuroSynth的元分析结果图进行皮尔逊相关分析。

参考

  1. Yarkoni, T., Poldrack, R. A., Nichols, T. E., Van Essen, D. C., & Wager, T. D. (2011). Large-scale automated synthesis of human functional neuroimaging data. Nature methods, [i]8/i, 665-670.
  2. https://neurosynth.org/faq/
  3. https://andysbrainbook.readthedo … _Meta_Analysis.html

（本文最初于2021年发布在个人公众号上，这里只做了一些文字上的改动。）

1 个赞
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非常有帮助！！
最近也有看到许多文章采用的是nimare进行元分析解码，有兴趣对nimare出一个教程吗？ :grinning:

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以前对元分析做过简单了解：「元分析」的搜索结果 – Alex的学习笔记
现在暂时没有时间来学习元分析相关内容。 :joy:

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您好在吗，为什么Neurosynth的decoder功能现在无法使用了呢

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不太清楚，我没有实际用过这个功能。我看文献中一般都是把neurosynth的脑图都下载下来，自己在本地去做这个相关。