使用GAT完成全局指标和节点指标的运行后，生成好多文件，找不到两组对应的clustering coefficient, shortest path length,small world index, transfer ，coefficient,global efficiency, and local efficiency这些值，无法进一步做组间比较,和相关性分析
我没用过GAT，我去瞄了一眼GAT的使用手册（http://cbrain.stanford.edu/downloads/GAT_MANUAL.pdf），似乎在AUC分析的结果就只有p值的结果，没有不同图论指标的AUC值。如果你想得到AUC的值，可能需要自己根据不同density下的图论指标的值求曲线下面积（即AUC）。不同density下的图论指标的值在前面的分析中已经保存下来了。也许真正用过GAT的人有更好的办法。
按照使用手册上的说法，NetMesPerDens_OrigNet_Group1(2).mat文件分别表示每组的真实的图论指标，你这里13应该是指13个density？
果然是，原来是我理解出错了，我的最小密度是0.26，步长选定为0.02，所以是13个密度值，茅塞顿开!
我看你前面提到想进一步做相关分析，对于结构共变网络想做相关分析比较困难，因为结构共变网络是每一组一个值（而不是每一个被试一个值）。