联影DTI数据格式转换问题

最近拿到了一批DTI数据,发现常规用dcm2nii进行转换没有生成bvec和bval文件,请老师帮忙看一下

以下是数据链接:

链接:https://pan.baidu.com/s/17y1_xEgHiLxceoDJn2dvSw?pwd=1234
提取码:1234

之前我也遇到过,之后使用dcm2niix成功了,你可以试试

正如楼上所说,可以试试dcm2niix,因为dcm2nii这个软件很早就不再更新了,dcm2niix是同一个作者开发的,一直在更新,所以有些新的或者小众的序列dcm2nii不行,但是dcm2niix可以。

另外,我提醒一下,dicom文件里可能包含被试身份信息,在公共领域分享dicom文件有一定的风险。由于论坛一般账号只在2个小时内有修改权限,我可以使用管理员账号帮你删除,或者你修改你的百度网盘权限。

好的,谢谢老师提醒,已经取消分享

想请教一下,为什么我用dcm2niix的UI直接转西门子的DTI文件,出来却没有json文件呢?

你用的是MRIcroGL转换的?你如果直接用dcm2niix命令行进行转换,会生成json文件吗?

是的老师,我的是用MRIcroGL UI直接拖拽到里边转换的,当时没出来json文件。但是后边用命令行就解决了。这个json文件用UI转换的话是出不来的吗?感谢您

你在命令行直接运行dcm2niix,应该会出现一大段命令的使用说明。
其中有一行:

-b : BIDS sidecar (y/n/o [o=only: no NIfTI], default y)

这个命令是控制这个json文件是否生成的,默认应该是开启的,我猜测可能是UI的命令里,这一个flag是被关闭了。

我查看了一下MRIcronGL的转换DICOM至NIfTI的UI界面,里面有一个BIDS Sidecar的选项(红色框),如果这个是None,应该就是不会保存json文件的。
另外,UI最下面有命令行预览(黄色框),你可以检查一下是不是你所需的转换参数。

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收到,感谢您,我接下来试一下