老师您好，请问，我使用FSL GUI进行概追时，只有在只添加seed的情况下才能跑通，waypoint添加后就提示如下错误。但是我的seed、waypoint、exclude都是同一个空间的（dwi空间），使用同样的转换方法(ANTS)得到的。请问有啥处理办法吗？非常感谢！
我明白了老师，是因为我用ants（之所以用ants是因为这几个被试flirt、fnirt配不好）将MNI空间mask配准到个体空间时，产生的个体空间mask的值不都为1，出现了小数，可能超出了运算内存要求。我用spm image calculator i1>0处理成都为1的mask后可以跑通。
可是，如何批量将这些mask变为都是1呢？或者如何在ants配准时候就让它生成都为1的mask呢？因为我有好多好多mask需要改，有何代码吗？谢谢！
在用ANTs将mask从MNI转换到个体空间的时候，插值方式选择Nearest Neighbour，这样得到的mask就都是整数。
非常感谢！
不对啊，我加了-n Nearest Neighbour确实是生成了都是0和1的mask，但是使用这些mask做FSL概追，仍然是报同样的错误，这是为什么呢？
你在运行probtrackx2的时候，可以加上-V选项试试，多输出一些报错信息，也许有助于找到问题。
报错信息也没有变化吗？
没有变化，同样的错误。
但是如果我在ants转换时候不加-n nearest neihgbour，然后使用spm保留>0的体素保存成二值mask，这个mask是可以跑起来的
我去FSL的邮件列表里查了一下（见下面两个链接），看起来可能原因是ANTs转换图像的时候sform会有问题，所以会有这个报错。而用spm处理一下，可能无意中恢复了sform（可能跟是否二值mask没有关系）。
哦哦，谢谢！我还是自己用spm改正一下
如果想用spm批量处理的话，可以参考这个帖子的做法。
收到，谢谢。我自己写了个单被试代码，分享一下：
clear all;
sub = 'sub-01';
path = ['D:\SUIT\',sub,'\','mask_noNN'];
path_new = ['D:\SUIT\',sub,'\','masked'];
structure=dir(fullfile(path));
structure=structure(3:end);
for i = 1:length(structure)
mkdir(path_new,structure(i).name);
gunzip([path,'\',structure(i).name,'\','*.nii.gz']);
roi=dir(fullfile([path,'\',structure(i).name,'\','*.nii']));
for j=1:length(roi)
v=spm_vol([path,'\',structure(i).name,'\',roi(j).name]);
data = spm_read_vols(v);
data = double(data>0);
v_new = v;
v_new.fname = [path_new,'\',structure(i).name,'\',roi(j).name];
spm_write_vol(v_new,data);
end
end