suit提取三对核团体积失败

只能提取28个区域,但是已经转为个体空间了


你使用的suit版本是什么?有没有可能你使用的模板没有包含小脑深部核团。https://www.diedrichsenlab.org/imaging/atlasPackage.htm

模版对应的txt文件显示34个解剖区域呢 是有三对深部核团的

确实,我去看了一下(我使用过的)3.3版本里的Cerebellum-SUIT.nii确实是有34个脑区的。我又去看了suit_lobuli_summarize.m函数,发现它确实只提取前28个脑区(见下图)。你手动修改脚本加上剩下的6个脑区应该是可以的。我也看了一下最新的官网的教程(https://www.diedrichsenlab.org/imaging/suit_function.htm#suit_roi),新版本方法已经不一样了。

感谢!!!我用的也是旧版本按照您的方法操作成功!

你好,这个旧版本能成功吗?可是seg1分割的灰质里面就没有dentate,这种summarize函数按理求不出来dentate的nanmean吧。
如果用suit_reslice_dartel_inv到个体空间,然后使用spm_read_vol函数应该可以。

为什么seg1里没有dentate?

旧版本也可以提取核团,但是我没有试过您说的dentate提取

我用suit_isolate_seg产生的seg1里没有dentate,按理这个不牵扯到atlas吧

我对dentate这个结构没有了解,我想的话,这个分割结果就是灰白质,如果不在seg1里,就在seg2里?

在seg2里,但也显示不出来。
应该是因为t1图像上dentate边界看不清,灰白质分界不明显,所以seg不出来。

seg1和seg2如下图


确实,有些核团在信号强度上接近白质,这种情况下要计算(灰质)体积就比较困难。