老师您好，我想追踪齿状红核丘脑束，现在个体空间的齿状核ROI确定方法有以下几种：
1.使用SUIT：使用suit_reslice_dartel_inv函数将该SUIT配到个体空间，然后提取齿状核ROI；
2.使用ANTS：先使用antsRegistrationSyN获得MNI152空间到个体空间的变形关系，然后antsApplyTransforms应用于SUTI atlas提取出来的齿状核，配到个体空间。
请问后两种方式您更推荐哪种？
如果是第二种，应该是哪个MNI空间呢？也就是说SUITatlas是在哪个MNI152空间？
非常感谢！
我觉得可能方法1会更简单一点、可能更准确一点。因为方法1是只配准小脑部分，方法2是配准全脑。如果方法2只配准小脑部分也是可以的，这个时候差别就是ANTs和DARTEL算法的区别了。
谢谢，请问方法2如何只配准小脑？
SUIT工具包给了一个小脑T1模板和小脑分区模板，可以把你的T1像配准到这个小脑T1模板上。因为你的T1像是全脑的，所以需要把小脑部分提取出来（即只包含小脑的T1像），只用个体的小脑去配准小脑T1模板。提取的话，可以先配准到MNI152上，然后用小脑mask提取一下小脑部分的图像。其实这个过程也类似SUIT配准的过程，只是把配准方法从DARTEL换成了ANTs。
我试着比较了两种方式的配准，红色是ANTS配准（使用全脑变换关系），蓝色是suit_reslice_dartel_inv配准的，发现还是有点差别，但是也说不上来哪个更准确，看着都包含了b0像上的齿状核
差别肯定不会很大的，准确性也只是理论上的（理论上模板越清楚，配准的时候会考虑到这些细节）。你这个似乎是一个球形的ROI，如果是长条形的ROI，可能更值得考虑准确性的问题。
另外，b0图像还是比较模糊的，最好是在分辨率高一些的图像上来检查（比如T1或者T2）。
你哈，我想请问一下齿状核是这个图谱的第多少号脑区啊？我想提取这个标准mask的齿状核单独做一个mask，但是我不知道这是第多少号脑区，查了软件包里面也没有写
我在网上搜索了一下，发现SUIT的作者Diedrichsen维护了一个小脑分区模板的仓库(GitHub - DiedrichsenLab/cerebellar_atlases)，里面有不同类型的小脑分区，其中有SUIT分区模板里的齿状核对应的数字标签（https://github.com/DiedrichsenLab/cerebellar_atlases/blob/master/Diedrichsen_2009/atl-Anatom.tsv）。
找到啦，谢谢老师
