MNI空间和MNI模板

技术教程
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好的谢谢老师~

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请问Alex老师，怎么把一个现成的模版，例如您说到的AAL模版起初是在Colin27空间里面做的。我现在使用的软件，标准空间模版是MNI152-2009a，我自己能制作一个和MNI152-2009a匹配的AAL模版吗？谢谢！

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可以的，就是先把Colin27模板配准到MNI152-2009a，然后将AAL分区转换到MNI152-2009a空间。

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谢谢Alex老师，请问具体怎么做呢，我是技术小兵，不好意思！能不能解释一下使用什么软件处理哪一个步骤，谢谢！

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  1. 看你常用的工具是什么，可以用SPM的segment或者normalise模块，或者FSL的flirt/fnirt，或者ANTs等，都是常用的配准工具。SPM的配准用法可以参考我的博客，ANTs的配准用法可以参考我的博客，FSL的配准用法可以参考FSL的文档。
  2. 大致就是两个步骤，一个是估计配准的参数，一个是应用配准的参数到新的图像上。你可以先试试，有不清楚的地方我们再讨论。
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谢谢Alex老师的指导，但是我其实不会编程，所以对FSL或者spm工具包确实不会操作。我发现3d slicer里面有ants的插件可以使用，不知道这个方法行不行？

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不会编程可以用SPM，SPM有图形界面，操作也比较简单。但是如果以前没有用过SPM，确实有一个熟悉界面的过程。3d slicer我没有用过，不过理论上任何配准工具应该都是可以的。不论什么工具，概念上应该有两个步骤，一个是将两个图像文件进行配准（Colin27和MNI152-2009a的T1图像），获得两个空间之间的映射关系；一个是根据这个映射关系将其他图像（AAL的分区图像）转换到目标空间（MNI152-2009a space）。

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不好意思，更正一下，我前面提到的SPM博客内容应该不能实现两个模板之间的配准，因为SPM的normalise模块的模板是固定的。我也简单搜索了一下3DSlicer的ANTs插件，应该是可以实现这个配准的，我看网上也有相关视频，你可以试一试。

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谢谢Alex老师，我尝试研究一下3DSlicer的ANTs插件相关视频，自己试一下。感谢！