有一批小鼠fMRI数据，因为小脑形变较大，影响配准效果，想通过切掉T2和rest的小脑，然后再和无小脑的模板进行配准。问题是：rest文件有300个时间点，有什么方法能切掉所有时间点的小脑吗？
我能想到的比较简单的方法是：（1）REST进行头动校正；（2）将REST和T2对齐；（3）手动在T2上画出小脑的mask；（4）将去除小脑的T2与模板进行配准；（5）将REST转换到模板空间。
一般来说手动是很费时的，不过考虑到小鼠肯定数量不会太多，所以手动还是在接受的范围。
另外，也许可以尝试更好的配准算法和工具。