关于freesurfer处理后体素变化的问题

问答讨论
1

向老师请教几个问题：
1、我的T1原始体素大小是176240256,然后用freesurfer处理后，得到的灰质mask体素是256256256，可以用mask再去提取原始图像的值吗（比如中位数和平均值），因为它们的体素大小似乎不匹配

2、因为我是想计算灰质 T1/T2 ratio的值，在计算之前我进行两者的N4偏置场校正，还需要进行归一化处理吗，对于归一化老师有什么好的方法推荐吗

2
  1. FreeSurfer recon-all首先会把原始T1图像进行"conform"，这个步骤的效果之一就是维度会变成256x256x256。如果要把conformed space的图像转换到原始空间，可以使用下面的代码：
mri_label2vol --seg gmmask.nii.gz --temp rawavg.mgz --o gmmask-in-rawavg.mgz --regheader gmmask.nii.gz

更详细的细节可以参考FreeSurfer的wiki：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsAnat-to-NativeAnat

  1. 我听说过用T1/T2 ratio来估计myelination，但是我没有实际做过，所以不清楚细节。建议找找文献，看看文献里的标准做法是啥？不清楚的地方也许我们可以一起讨论。