网站下载的小鼠脑模板参数：Dimension为10513780，Origin为53.5 82 74【左图】；动物脑立体定位图谱将Origin定义坐标为0 0 0（红色方框所在位置，单位是mm）【右图】。
根据小鼠脑模板Origin 53.5 82 74对应原点坐标0 0 0的规律，用什么方法，可以把影像图谱坐标换算呈动物脑立体图谱坐标呢？感谢解答。
我没太懂你的意思，如果这个影像图谱和立体图谱是在同一个空间，那么物理坐标是一样的。比如，53.5 82 74表示的物理坐标是0 0 0，如果这个0 0 0和立体图谱的0 0 0是同一个位置，那么不需要任何转换。
我想表达的意思是：假设有一个结果的peak点是落在原点，用软件报告结果时，生成的peak点坐标是53.5 82 74。我想根据他们的换算规律做一个换算，使得报告这个peak点时直接生成的坐标是0 0 0。
让软件报告物理坐标（在你的例子里就是0 0 0），而不是体素坐标（在你的例子是53.5 82 74），因为体素坐标是跟图像分辨率有关的。在文献中没有报告体素坐标的，没意义。
如果要换算的话，就是根据NIFTI头信息的Qform来变换。不过软件会自动换算，就比如SPM里的Display可以同时显示两种坐标。
明白您的意思了，spm-display确实看到有一个mm坐标和vx坐标。谢谢您的解答。