关于freesurfer recon-all后获取灰质mask

问答讨论
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各位老师，目前我是想用T1W/T2W ratio来看脑子的髓鞘化，我进行灰白质分割用的软件是freesufer,因为觉得这个软件会准一点，但是我发现用它recon-all后我找不到它具体哪个文件是灰质的mask,不像spm和fsl那样直接会出灰质和白质mask, 处理结果surf子文件夹中的确有rh.white和rh.pial文件，能在freeview中将灰白质轮廓描绘出来，但却不能导出为灰质的mask。所以想问一下各位老师，freesufer出来结束后我想得到患者个体水平的灰质mask用哪个文件可以提取出来

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可以使用mri/aseg.mgz提取灰质mask，比如:

mri_binarize --i ./mri/aseg.mgz --o gmmask.nii.gz --gm
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我后来使用代码

mri_concat --combine lh.ribbon.mgz rh.ribbon.mgz --o cortex.nii.gz

来完成我的目的，不知道老师知不知道用你的方法和用这个提取的灰质mask是否有区别，因为我查阅发现lh.ribbon.mgz这个文件是在处理最后面几个产生的，我自认为会更加精确一点，不知道是不是这样

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你使用的代码是提取皮层的灰质mask，我前面给出的代码是提取全脑的灰质mask，所以取决于你的目的。