之前跑VBM都是使用CAT12默认参数，结果是没问题的。
现在我只需要对T1w做偏置场校正、剥颅骨和空间标准化，不需要进行组织分割，我用的是nipype（初学），这些步骤几乎都是基于FSL的。
在偏置场校正和剥颅骨后，我得到得图像是正常的，如图所示(stripp-skull image)，现在我想在这基础上将其标准化到标准空间。
我用nipype的参数是这样设置的(nipype_normalization)，其是调用了FSL的，
但结果图像是缺了一块的，我想应该是我少了哪一些步骤，或者是顺序不正确？
我没有用过nipype，不清楚它这里调用FSL进行配准的步骤。按照FSL的wiki（https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FNIRT/UserGuide#Example_uses），一般是先用flirt进行线性配准，再用fnirt进行非线性配准。而且在进行非线性的配准的时候，需要用带颅骨的图像。你可以试试用没有去颅骨的图像配准试试。
根据我个人的使用经验，FSL的fnirt非线性配准效果很差，很难让人满意。也许可以试试ANTs。
谢谢Alex