FSL空间转换

问答讨论
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您好，请问，我在使用FSL做概追，Bedpostx和纤维束追踪都是在FA空间做的，但是我发现FA空间和T1空间有一点点的位移差别，我想把在FA空间提取的纤维束mask转到T1空间，这样显示时候就可以以T1做底板。目前我已经使用flirt得到了FAtoT1.mat的变换矩阵，但是我不知道如何apply到我的mask上，我看applywarp只能使用cwarp的形变场，请问这种.mat的变换矩阵如何apply？
如果我直接使用flirt -in mask.nii.gz -ref T1_brain.nii.gz -omat masktoT1.mat -out masktoT1.nii.gz得到的结果一片乱糟糟的。
谢谢！！

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正确的apply的方式：

flirt -in mask.nii.gz -ref T1_brain.nii.gz -out masktoT1.nii.gz -init masktoT1.mat -applyxfm

参见Flirt的使用文档：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FLIRT/UserGuide#FLIRT_Examples

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Thanks!搞定了，非常感谢！