FSL安装教程

技术教程
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0x00 前言

要进行数据处理，软件的安装是所有数据处理操作最基础的步骤。FSL (FMRIB Software Library) 是比较常用的脑MRI数据处理软件。虽然该软件的安装脚本能自动配置系统环境，但是由于系统与系统之间存在差异，软件安装过程中的自动环境配置不一定适合所有的系统，有一定失败的机率，需要手动去配置环境。本文将利用虚拟机进行一次包括手动配置环境的FSL的安装全过程。

0x01 系统环境

本次安装过程基于的系统环境如下：

系统：Ubuntu 22.04.2 LTS（基于VMWare的虚拟机环境）

运行安装脚本的Python版本：3.10.6 (Ubuntu22.04.2 LTS自带的版本)

0x02 安装前准备

在FSL官方网站（https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads_registration）下载安装脚本

图片1.png

注册之后页面会自动开始下载FSL的下载脚本。

0x03 软件安装

打开终端，进入脚本存放的路径后，输入

python3 fslinstaller.py

即可进入安装程序

图片2.png

直接Enter安装在默认路径中

图片3.png

图片4.png

等待下载完成

图片5.png

0x04 环境配置

下载完成后会自动安装、配置，然后告诉我们Installation Success，但是这个时候无论是重开终端、重启后输入fsl还是会提示找不到命令，这是因为自动配置失败了，需要我们手动对环境变量进行配置。

在终端输入

nano ~/.profile

在文件的最后输入

FSLDIR=FSL安装时所在路径
PATH=${FSLDIR}/share/fsl/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh

图片6.png

需要注意的是，FSLDIR需要修改为当时安装的路径。

Ctrl+X并保存，这时我们的环境变量还没有生效，需要使其生效

source ~/.profile

使用以上命令使环境配置生效，或者重启终端使环境变量生效。

最后，输入fsl及fsleyes检验安装是否成功。

图片7.png

图片8.png

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