鱼子酱
1
大家好,
我根据官网的TBSS流程成功做完了整个分析,过程中并没有报错。
但是等我显示结果时,发现我的mean_FA和all_FA都缺失了同一块脑区,而且图像中间还有黑洞。
之后我挨个检查了每个被试的FA和FA_to_target以及FA_mask,均没有发现有被试缺失了这块脑区。
倒是有些被试头歪的比较厉害,不知这是否影响?有什么办法可以像Dpabi里重定位AC-PC那样,将DTI头朝向稍微调整下吗?
补充:我在官方mail list里有检索到同样的问题,但是没人回答。我也发帖问了,不过感觉被回答的几率也很渺茫,所以想问问这有没有遇到过相同问题的友友。
谢谢。
Alex
2
all_FA的话应该是所有被试配准到模板以后的FA图像,理想情况下,all_FA里每一个文件应该是对齐的,如果没有对齐,那么就可能出现这种缺失。你有检查每个被试到模板的配准情况吗?
鱼子酱
3
我检查过配准的确挺差的,并且我看过all_FA里的每个volume都缺失了这一块。
然后我尝试了在tbss_2_reg -t target提供了我指定的target而不是mni空间的,这次缺失的情况要好很多,之后的步骤还是tbss_3_postreg -S, 不过这样算出来的mean_FA_skeleton好像不在MNI152空间里了,跟MNI重叠不是很好? 我按照官网介绍理解的,好像是不管第二步配到什么target上,最后的TBSS结果都是在MNI空间的?
Alex
4
是的,不管选择直接配准MNI模板,还是用一个最佳被试作为配准目标,最终的空间都是MNI空间。
你可以看看到底有哪些被试配准结果不行,以及为什么不行。根据我的经验,虽然FSL的FNIRT配准确实不行,但是用在TBSS里还是可以的而且比较稳健。
Xigua
5
我的情况是第一步生成的FA就已经有缺失了,我后来使用了MRTRIX3生成的参数图进行处理,后面的图像没出现缺失的情况。
是不是FSL生成的参数图出现了问题?可以排查一下。
鱼子酱
6
怎么处理的呢?用MRtrix3生成FA,再转成.nii.gz用dtifit跑?tensor2metric?我昨天排查了发现有个被试的dti原始图就不是太好,于是把它剔除了,不过最后生成的mean_FA依旧是会缺失一些,但是比原来好多了
Xigua
7
是的,MRtrix3生成的时候好像就可以保存nii.gz了。
dtifit是生成FA的,应该不再需要dtifit了。