将dicom转为nii或nii.gz文件，用SPM和dicom2niix命令行得到的结果 在ITK中同时呈现是左右一致，但是单独看ijk坐标系不同，那么如何确定待配准的图像是否有镜像问题？
坐标系统的问题我自己感觉挺复杂的，一直没怎么搞懂。我自己的理解是，ijk的坐标系不影响配准的，一般的软件都对这个没有要求，只要两个图像的XYZ表示的方向是一样的就行了（也就是说你打开itk-snap没有发现左右镜像的问题）。不过我也确实很好奇，为什么不同软件转换出来的结果不同。非常建议你去问问dcm2niix或者SPM的作者或开发团队，然后也告诉我一下。
还有一个问题，我用dcm2nii和dcm2niix（应该版本不同），dcm2nii会生成两个文件，一个o开头的是reorient的，还有一个没有reorient，而dcm2niix得到的应该是reorient的，在ITK中同时看方位一致，但是如果把没有reorient的作为segmentation，会发现镜像问题
dcm2niix可以看做dcm2nii的新版本，dcm2nii已经不再更新了。你在itk-snap里，一个作为Main，一个作为segmentation的话，会使用Main的头信息来呈现图像，也就是假设Main和segmentation是同样的头信息，在这里显然是不对的。你可以看看用dcm2nii和dcm2niix得到的ijk是不是一样的。
那么一个是Main，另一个是以 add another image的方式添加（即上面的左图），这样是读取各自的头文件信息吗？
应该是新开一个窗口打开（New ITK-SNAP Window），虽然是新开一个窗口，但是这两个窗口是联动的，这样可以看到两个图像的对应情况。
哦哦！好的，谢谢啦。
看了一下，dcm2nii 生成有o开头的文件和 dcm2niix的坐标是一样的，而没有o的坐标与前两者不同
那么没有o的和SPM转换的结果是一样的吗？我去搜了一下（https://neurostars.org/t/direction-orientation-matrix-dicom-vs-nifti/14382/3，见Chris Rorden的回答），好像dcm2niix确实会调整一下朝向。
