我目前在处理一批MRI数据，分别是患者的DTI和T2 mapping的数据，我想提取上述两个序列的海马区域的值（其中DTI是取FA值和MD值），我使用的方法是将上述两个序列配准到T1序列，然后再配准到MNI空间，目前的问题是配准没有那么准，使用海马的atlas有可能部分配到脑脊液区域，我想让这些配到脑脊液的值忽略掉，有什么办法？
文章里看到这句话，请问怎么把超过阈值的部分消除，什么工具可以支持A threshold of 200 ms was applied to the T2 maps in order to eliminate voxels that contain primarily CSF.
我觉得可以把T1图像做一下组织分割，然后把CSF mask转换到MNI空间，和海马mask做一下交集（也就是去掉脑脊液的部分），最后用这个做完交集以后的海马mask去提取DTI和T2的值。
看你习惯于使用什么工具呢？你如果用FSL的话，可以：
fslmaths T2.nii.gz -thr 200 T2_thresh.nii.gz
上面的代码就是把图像里小于200的voxel置0。
老师，您好，但其实我有一个问题，使用fsl我可以把脑脊液值定为0，但是这样会不会脑脊液的值就按0来取平均值啦，那还是不准的
是这样的，所以看你具体是用什么软件提取均值了，很多软件可以计算非零均值，也就是说为0的体素不会纳入计算。
老师，您好，能不能麻烦您说一下您知道的计算非零均值的几个软件
我自己最常使用的是AFNI的3dROIstats，比如：
3dROIstats -mask roi_mask.nii.gz -quiet -nomeanout -nzmean input.nii.gz > roi_mean.txt
FSL也有类似的功能，但是速度慢好多：
fslstats -K roi_mask.nii.gz input.nii.gz -M > roi_mean.txt
太有帮助啦，感谢老师