使用dartel方法对小鼠进行vbm分析

老师,您好!
我目前自己探索了一个方法,很多步骤是参考了老师你的帖子《使用SPM12进行VBM分析》
1、先将小鼠MRI图像进行手动颅脑分割,然后将小鼠MRI图像和模板图像体素放大10倍。
2、将小鼠MRI图像进行重新定原点,使其和原点尽可能在同一原点
3、使用spm12中的old segment对图像进行分割,将其中的默认TPM换成小鼠的TPM,分割选项为native
4、然后将得到的“seg_sn.mat”作为Dartel Tools中的Initial Import,这样就会得到rc开头的文件(rc1 rc2 rc3)
5、得到的rc开头文件(灰质 白质 CSF),分别进行run dartel(creat templates),生成各自的template6模板
6、然后使用normalize(estimate&write)工具,将上面生成的template 6 分别与小鼠标准脑模板的三个进行对应及写入
7、最后再进行old segment,然后将默认TPM换成上面normalize后的三个template6,并且分割选项这里选为modulation,这样子是否可以?
(老师您的帖子第6/7两步使用的是normalize to MNI space,我觉得小鼠的模板不是基于MNI空间的,所以不能用,不知道这个想法是不是对的)
(部分步骤也参考这篇文献的步骤,老师您可以参考一下,但是他的3-5步我不知道他怎么完成的?
each image was segmented into three tissue priors (Gray Matter, White Matter, Cerebrospinal Fluid maps) using the old segment tool in SPM12. In this step, the default tissue probability maps were replaced by the SIGMA template’s GM, WM, and CSF tissue maps.
To perform a more accurate analysis, all the segment priors were used to generate a subject-specific template by DARTEL (Diffeomorphic Anatomical Registration Through Exponentiated Lie algebra) algorithm in SPM12 as follows:
1 the “seg_sn.mat” documents generated during the old segment were used for initial import step;
2 GM, WM and CSF templates were created by DARTEL using imported three tissue priors respectively;
3 the Jacobian images acquired during DARTEL template creation of GM priors were applied to warp individual T2-weighted images;
4 the normalized T2-weighted images were averaged to generate final subject-specific template;
5 the GM priors were normalized to a subject-specific template and modulated.
Finally, the normalized GM maps were smoothed using an 8-mm FWHM Gaussian kernel.

For the group-level statistical image analysis, the voxel-by-voxel one-way ANONA was used across the whole brain by employing the statistical tools in DPABI. We excluded all voxels with a value of < 0.2 by creating an exclusive mask based on the subject-specific template to avoid possible edge effects around the borders between the tissue classes and to include only voxels with sufficient tissue class proportions. In the group analysis, significant voxels were identified using a threshold of p < 0.01 with false discovery rate (FDR) correction for multiple comparisons.)

(1)normalize to MNI space的目的就是把DARTEL模板转换到MNI空间,然后把个体空间的图像转换到(转换到MNI空间后的)DARTEL模板空间去。因为你是小鼠数据,所以是不能用这一步的。DARTEL Tools下面的Create Warped应该可以把个体的灰白质变换到DARTEL模板空间。你的6-7步我感觉有点问题,因为用DARTEL的目的是为了实现更好的配准,现在你却又回到old segment (unified segmentation)的配准去了。不过我确实没做过小鼠的VBM,不知道流行或者广泛接受的做法是啥。
(2)我看不懂你给的这段英文资料里的3-5步表达的是啥意思。

其实,我一直有个问题,在第三步形成的seg_sn.mat这个是不是就已经包含了normalize到标准模板的信息

所以老师针对您这个提示,那我是不是可以“DARTEL Tools下面的Create Warped应该可以把个体的灰白质变换到DARTEL模板空间”,然后这一步骤中顺便进行modulation
做完这一步还是没有到标准空间得嘛,然后将template6与标准灰质模板进行一个normalize的estimate,然后将estimate生成的参数write到create warped后的个体灰质图像上
这样做您觉得在程序上可以吗

我没有用过old segment,不过如果按照unified segmentation的原理,分割和配准是一起完成的,所以应该是可以得到位于模板空间的灰白质图谱的。只是unified segmentation里的配准不如DARTEL准确而已。你可以仔细看看SPM12的使用手册,应该是写得很详细的。

是的,如果只是用Create Warped,得到的只是转换到DARTEL模板空间的图像,不过到这一步为止也是可以的,因为并不一定要到标准空间去分析,很多文献也是这样做的。如果你一定要到标准空间去分析,应该要把DARTEL模板配准到标准空间的模板,然后用Util → Deformation把不同的变换场结合起来并把个体图像转换到标准空间。如果按照你的做法的话,也不是不可以,只是多次插值不是最理想的做法(即个体到DARTEL、再到标准空间,而不是个体直接到标准空间)。当然,这是我只是个人的理解,仅供参考。

老师,上面还有一个问题,您有空的时候看一下,感谢

已经回复了。可能我写回答的时候,你刚好也在编辑。

补充一下,我这里说的可能有误,使用Normalise to MNI Space时,如果不指定DARTEL模板,就不会将模板配准到MNI空间,转换后的文件还是在当前样本的模板空间。