请教大家~
目的：我用civet macaque处理生成的brain mask(内置模板的标准空间大小)和生成的t1（也已经变成了内置模板的大小）进行剥头骨。
问题描述与尝试：mask下载下来后发现和软件网页端看到的方向不一致（图1），但是结构像是已经转变方向后的，于是手动转变mask图像的方向（使用mricrogl的rotation功能），也和网页端的方向进行了对比，发现是匹配的（见图2-4），但是我使用 fslmaths 命令进行mask和结构像相乘后发现剥头骨的效果非常不好（图5），这是什么原因呢？我查看了两个图像的头文件信息，发现了一处不同（图6），会是这个影响吗？
非常需要大家的帮助！欢迎大家提建议~
图1：下载的mask方向和网页端不同
图2
图3
图4
图5：剥离效果
图6：mask与结构像对比
我还是不太清楚你的分析过程，你这里的brain mask和t1都是civet macaque生成的结果，对吧？然后你想brain mask 乘上 t1得到去掉颅骨以后的t1图像，现在的问题是发现得到的图像不太对。你提到的结构像已经转变方向是什么意思，是生成的t1你再次调整了朝向吗？
可能是我没描述清楚~是这样的，civet macaque要求输入的原始结构像（T1_original）的朝向和软件生成的图像（T1_final）的朝向是不同的，原始图像（T1_original）要求眼睛朝右输入到软件里边，但是在网页端预览生成的图像（结构像T1_final和mask）看起来是已经和模板配准过的，眼睛是朝向左边的。问题是下载下来的mask和软件处理后的结构像T1_final中，只有T1_final是修改过的眼睛朝向左边，mask还是朝向右边，所以需要对mask再次进行方向调整（因为我想不调整方向直接用mask乘以原始结构像T1_original，但是两个图像的大小不同，mask是已经配准到软件内置模板的421*430*255，原始结构像是288*384*384，无法直接相乘，所以我就想能不能用生成的结构像T1_final乘以生成的mask？就做了这些步骤）
那你有试过直接T1_final * mask（不调整方向）吗？结果如何？因为看图这种方式不一定靠谱，可能跟看图软件的设置有关。
我刚刚试了试，结果还是很糟糕，保留了眼睛部分结构，大脑上方部分丢失，老师还有其他推荐的方法吗
先明确一下问题，目前到底是用civet macaque去颅骨效果不好，还是产生的结果不知道怎么使用（比如朝向不对）？如果是前者的话，如果有现成模板文件，可以用个体T1（带颅骨）去配准T1模板（带颅骨），然后将模板的mask转换到个体空间来实现去颅骨的效果。软件的话，使用ANTs配准效果应该是不错的。如果没有现成模板，那就只能自己做一套。
另外，我注意到似乎你的图像也不是T1加权像，是吗？如果和模板的模态不一样，我不确定配准效果会如何。
方便把文件发上来看一下吗？
好的老师，我试了ants的配准，发现从模板到没有去颅骨的原始结构像的配准效果好像还可以，我打算试试使用这个变形矩阵制作原始图像的mask再去乘以原始图像。
您提到的第二个模态的问题我也注意到了，当时扫描的时候扫了很多个序列，扫描的老师说这个文件夹下就是T1w图像但是我之前做的一个例子是没有背景噪音的，这次的图像好像都存在背景噪音问题，我再确认一下数据模态，谢谢老师耐心回复~
我再回复里贴了图但是好像看不到？我在想先检验一下数据模态问题然后再走一遍处理流程看看效果~
不是背景噪声的问题，而是组织间的信号对比，在你前面发的一个帖子里：https://brainbbs.cn/t/topic/326/1，可以清楚地看到你的图像白质部分是黑色的，模板白质部分是白色的。理论上，T1加权像上白质信号>灰质信号（用灰度来表示就是白质是白色，灰质是灰色）。
破案了… 当时扫描老师和我讲的结构像，不是我们常说的T1 加权像，我对比了一下确实是灰白质方向是反的
